Ε ξαιρετικά δείγματα βυζαντινής τέχνης, λατρευτικά αρχιτεκτονήματα και μάλιστα με πλούσιο ψηφιδωτό διάκοσμο, καθώς πρόκειται για εκκλησίες, σώζονται σήμερα στη Θεσσαλονίκη· εννέα στον αριθμό ναοί, οι οποίοι αποτελούν μερικά από τα περίτεχνα μνημεία της πόλης.
Η Ροτόντα, περίκεντρο οικοδόμημα, κτίστηκε περί το 306 μ.Χ. ως ναός του Δία ή του Κάβειρου ή κατ΄ άλλους ως μαυσωλείο του καίσαρα Γαλέριου. Στους παλαιοχριστιανικούς χρόνους μετατράπηκε σε χριστιανικό ναό, αφιερωμένος πιθανότατα στους Ασωμάτους ή Αρχαγγέλους. Διαθέτει εξαίρετης ποιότητας ψηφιδωτά, με εντυπωσιακή λαμπρότητα χρωμάτων. Οι σεισμοί των αρχών του 7ου αι. κατέστρεψαν τμήμα της, ενώ το 1590-1591 μετατράπηκε σε τζαμί. Οι σεισμοί το 1978 προξένησαν σοβαρές βλάβες στο μνημείο και απαιτήθηκαν αναστηλωτικές εργασίες με μεγάλες επεμβάσεις στο κτίριο και στον διάκοσμό του.
Ο ναός της Αχειροποιήτου χρονολογείται στα μέσα του 5ου αι. και κτίσθηκε πάνω στα ερείπια ρωμαϊκού λουτρού. Διαθέτει πλούσιο γλυπτό αρχιτεκτονικό διάκοσμοξεχωρίζουν τα σύνθετα ιωνικά κιονόκρανα (μέσα 5ου αι.). Από τα ψηφιδωτά του 5ου αι. έχουν διασωθεί λίγες διακοσμητικού χαρακτήρα αλλά υψηλής ποιότητας παραστάσεις. Είναι ο πρώτος χριστιανικός ναός που μετατράπηκε σε τζαμί- Εσκι Τζαμί (Παλαιό Τζαμί)αμέσως μετά την άλωση της πόλης (1430) και παρέμεινε το επίσημο
τέμενος των κατακτητών καθ΄ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Ο ναός του Αγίου Δημητρίου κτίστηκε και αυτός στα ερείπια ρωμαϊκού λουτρού, αρχικά (μετά το 313) ως μικρό προσευκτήριο. Τον 5ο αιώνα οικοδομήθηκε μεγάλη τρίκλιτη βασιλική, που κάηκε στα 626-634, και αμέσως μετά κτίστηκε η πεντάκλιτη βασιλική. Από το 1493 ως το 1912 είχε μετατραπεί σε τζαμί. Κάηκε στη μεγάλη πυρκαϊά του 1917 και διασώθηκαν λείψανα μόνο από τον λαμπρό γλυπτικό και ζωγραφικό (ψηφιδωτά, τοιχογραφίες) διάκοσμο. Ξαναλειτούργησε το 1949.
Η Μονή Λατόμου κτίστηκε πάνω σε ρωμαϊκό κτίσμα στα τέλη του 5ου με αρχές του 6ου αιώνα. Από την άλωση της Θεσσαλονίκης (1430) ως το 1921 είχε γίνει τζαμί. Σήμερα λείπει όλο το δυτικό τμήμα του ναού. Από τη ζωγραφική διακόσμηση σώζεται το περίφημο ψηφιδωτό της κόγχης (5ου-6ου αι.) και τοιχογραφίες του 12ου αιώνα.
Ο ναός της Αγίας Σοφίας κτίστηκε πιθανόν στα τέλη του 7ου αι. στη θέση κατεστραμμένης από σεισμό πεντάκλιτης βασιλικής του 5ου αι. Το 1204-1224 έγινε ο καθεδρικός ναός των Λατίνων. Από το 1523-1524 ως τις 29 Ιουνίου 1913 μετατράπηκε σε τζαμί. Το 1890 καταστράφηκε από πυρκαϊά – αναστηλώθηκε το 1907-1909 από τον βυζαντινολόγο Κάρολο Ντηλ. Ο ψηφιδωτός και ο γλυπτός διάκοσμος έχουν εκτελεστεί σε διαφορετικές περιόδους, ενώ οι τοιχογραφίες ανάγονται στον 11ο αι.
Η Παναγία των Χαλκέων κτίστηκε στον χώρο του Μεγαλοφόρου, της κεντρικής αγοράς της Θεσσαλονίκης, κοντά στη Χαλκευτική στοά το 1028 από τον Χριστόφορο Πρωτοσπαθάριο και Κατεπάνω Λαγουβαρδίας, όπως αναφέρει η κτητορική επιγραφή. Η αποκλειστική χρήση πλίνθων τού προσέδωσε τη λαϊκή προσωνυμία «Κόκκινη Εκκλησιά». Το 1430 μετατράπηκε σε Καζαντζιλάρ τζαμί (τζαμί των χαλκωματάδων).
Ο ναός των Αγίων Αποστόλων αποτελούσε καθολικό μοναστηριού και οι επιγραφές αναφέρουν τον Πατριάρχη Νήφωνα Α΄ (1310-1314) ως ιδρυτή. Σώζονται αποσπασματικά αριστουργηματικά ψηφιδωτά της εποχής του Νήφωνα- το τελευταίο ψηφιδωτό σύνολο της Θεσσαλονίκης και από τα τελευταία στο Βυζάντιο προτού αρχίσει η πτωτική πορεία της αυτοκρατορίας. Περί το 1520-1530 έγινε Σοούκ Σου Τζαμί (τζαμί του κρύου νερού).
Ο Αγιος Νικόλαος Ορφανός, μετόχι της Μονής Βλατάδων υπαγόμενο στο Πατριαρχείο, άλλοτε ήταν καθολικό μονής και χρονολογείται περί το 1310-1320. Διαθέτει αριστουργηματικό τοιχογραφικό διάκοσμο, ένα από τα πληρέστερα σύνολα που διατηρούνται στη Θεσσαλονίκη και αποτελούν έργο της ώριμης παλαιολόγειας αναγέννησης. Η μονή λειτουργούσε και επί Τουρκοκρατίας.
Ο ναός του Αγίου Παντελεήμονα – επωνυμία πολύ νεότερη- ταυτίζεται με το καθολικό της βυζαντινής μονής της Θεοτόκου Περιβλέπτου, γνωστής και ως μονής του κυρ Ισαάκ, από τον ιδρυτή της, μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Ιάκωβο (1295-1314), μετέπειτα μοναχό Ισαάκ. Οι τοιχογραφίες χρονολογούνται στα τέλη του 13ου, αρχές του 14ου αιώνα. Αποτέλεσε πνευματικό κέντρο του 14ου αιώνα και συνδέθηκε με τη συγγραφική και διδακτική δραστηριότητα των ελληνιστών Θωμά Μάγιστρου και Ματθαίου Βλάσταρη. Μετά τα μέσα του 16ου αιώνα μετατρέπεται σε Ισαακιέ Τζαμί (το τζαμί του Ισαάκ) και στις αρχές του 20ού αιώνα επισκευάζεται από τους Οθωμανούς.
