Μακρά είναι η παράδοση των αναμετρήσεων του Παναθηναϊκού με την ΑΕΚ για το Κύπελλο Ελλάδος. Το Τριφύλλι και η Ενωση έχουν αναμετρηθεί 30 φορές στην ιστορία του θεσμού και οι Κιτρινόμαυροι διατηρούν ένα ελαφρύ προβάδισμα με 9 νίκες έναντι 8 των Πρασίνων, ενώ 13 ματς έχουν λήξει ισόπαλα. Η πρώτη μεταξύ τους «μάχη» για το Κύπελλο χρονολογείται στα μεταπολεμικά χρόνια, όταν το 1948 στον τελικό της διοργάνωσης ο Παναθηναϊκός νίκησε 2-1. Εκτοτε, ακολούθησαν πολλοί και ενδιαφέροντες αγώνες, είτε διπλοί, είτε νοκ άουτ, είτε για τη φάση των ομίλων, που ως επί το πλείστον προσέφεραν γκολ, θέαμα και συγκινήσεις στους οπαδούς.

Ιδίως οι πέντε τελικοί στους οποίους έχουν αναμετρηθεί Παναθηναϊκός και ΑΕΚ, είναι αξιομνημόνευτοι για το σασπένς και την ένταση που προκάλεσαν. Πέραν του 1948, οπότε το Τριφύλλι επικράτησε έπειτα από έναν συγκλονιστικό αγώνα, την αμέσως επόμενη χρονιά οι δυο ομάδες ξαναβρέθηκαν στον τελικό, όπου χρειάστηκε διπλή αναμέτρηση για να αναδειχθεί νικήτρια η Ενωση (δεν είχε θεσμοθετηθεί ακόμη η διαδικασία των πέναλτι).

Εν συνεχεία, το 1994 έπειτα από ένα επικό ματς που έληξε 3-3 στην παράταση, οι Πράσινοι επικράτησαν 4-2 στα πέναλτι, ενώ την επόμενη περίοδο ο Παναθηναϊκός επικράτησε και πάλι (1-0), με γκολ του Κριστόφ Βαζέχα έπειτα από εκτέλεση πέναλτι, που προκάλεσε επεισόδια μεγάλης έκτασης εντός και εκτός γηπέδου. Μάλιστα, ο διαιτητής του εν λόγω αγώνα κ. Φίλιππος Μπάκας λίγες ημέρες αργότερα ξυλοκοπήθηκε άγρια από αγνώστους. Η πεντάδα των «πρασινοκίτρινων» τελικών ολοκληρώθηκε το 1997 με την επικράτηση της ΑΕΚ στη διαδικασία των πέναλτι (5-3). Τελευταία φορά που οι δυο ομάδες τέθηκαν αντιμέτωπες για το Κύπελλο Ελλάδος ήταν τη σεζόν 2004-05, όταν η ΑΕΚ προκρίθηκε στην προημιτελική φάση με μια νίκη (3-1) και μια ισοπαλία (1-1).

Οι αναμετρήσεις ΠΑΟ – ΑΕΚ στο Κύπελλο Ελλάδος

Περίοδος Διοργάνωση Αγώνας Σκορ

1947-48 Τελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-1

1948-49 Τελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 0-0

1948-49 Τελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 2-1

1949-50 Ημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 1-1

1949-50 Ημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 3-1

1951-52 Β’ γύρος ΑΕΚ – ΠΑΟ 1-1

1951-52 Β’ γύρος ΑΕΚ – ΠΑΟ 0-0 (προκρίθηκε η ΑΕΚ με κλήρωση)

1955-56 Ημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 2-1

1958-59 Β’ γύρος ΑΕΚ – ΠΑΟ 0-0

1958-59 Β’ γύρος ΠΑΟ – ΑΕΚ 0-1

1966-67 Γ’ γύρος ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-1

1969-70 Ημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 1-1 (νίκησε ο ΠΑΟ στα πέναλτι 5-3)

1977-78 Β’ γύρος ΠΑΟ – ΑΕΚ 0-1

1980-81 Γ’ γύρος ΠΑΟ – ΑΕΚ 3-2

1980-81 Γ’ γύρος ΑΕΚ – ΠΑΟ 1-0

1985-86 Ημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 2-2

1985-86 Ημιτελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-1

1993-94 Όμιλος ΑΕΚ – ΠΑΟ 2-2

1993-94 Τελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 3-3 (νίκησε ο ΠΑΟ στα πέναλτι 4-2)

1994-95 Τελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 1-0

1995-96 Όμιλος ΠΑΟ – ΑΕΚ 3-1

1995-96 Προημιτελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-2

1995-96 Προημιτελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 3-1

1996-97 Τελικός ΑΕΚ – ΠΑΟ 0-0 (νίκησε η ΑΕΚ στα πέναλτι 5-3)

2000-01 Όμιλος ΑΕΚ – ΠΑΟ 3-1

2000-01 Όμιλος ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-1

2003-04 Ημιτελικός ΠΑΟ – ΑΕΚ 2-2

2003-04 Ημιτελικός ΑΕΚ-ΠΑΟ 0-1

2004-05 «16» ΑΕΚ-ΠΑΟ 1-1

2004-05 «16» ΠΑΟ-ΑΕΚ 1-3