Ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης είχε γεννηθεί στην Καλαμάτα το 1941. Είχε σπουδάσειΝομικά, Οικονομικές και Πολιτικές Επιστήμεςστην Αθήνα, το Μομπελιέ και το Παρίσι. Εργάστηκε ως καθηγητής και ερευνητής στο Πανεπιστήμιο του Παρισιού ΙΙ, στο Ινστιτούτο Διοίκησης Επιχειρήσεων του Ορσαί και στο Μεσογειακό Αγρονομικό Ινστιτούτο του Μονπελλιέ. Έκανε έρευνες και μελέτες πάνω στη μεσογειακή οικονομία, την ΕΟΚ, την κινεζική αγροβιομηχανία, την αλιεία στηνΕλλάδα και άλλες, για λογαριασμό της ΕΟΚ της ΓΚΑΤΤ και τουΟΗΕ. Υπήρξε επιστημονικός συνεργάτης στο Πάντειο και στο Εθνικό Κέντρο Κοινωνικών Ερευνώς και έχει συνεργαστεί και αρθρογραφήσει, εκτόςαπό το Βήμα, στονΟικονομικό Ταχυδρόμο, το Αντί, την Αυγή και τον Πολίτη.

Ως το 1963 ήταν μέλος της ΕΔΑ. Στη Δικτατορία εντάχθηκε στη Δημοκρατική Αμυνα. Υπήρξε ιδρυτικό μέλος της ΕΑΡ (1987) και μέλος της Κεντρικής Επιτροπής και τηςΠολιτικής Γραμμματείας της. Όταν το κόμμα του δημιούργησε μαζί με το ΚΚΕ τον Συνασπισμο ο (1989), ο Μ. Παπαγιαννάκης έγινε μέλος της Κεντρικής Πολιτικής Επιτροπής και εν συνεχεία της Πολιτικής Γραμματείας του, υπεύθυνος του Τμήματος Οικολογία και Ποιότητα της Ζωής. Το 1993 ήταν υποψήφιος για την προεδρία του κόμματος, όμως ηττήθηκε στην πρώτη ψηφοφορία και στήριξε το Νίκο Κωνσταντόπουλο στη δεύτερη, που τελικά εξελέγη.

Ο Μ.Παπαγιαννάκης είχε εκλεγεί ευρωβουλευτής με το ΣΥΝ στις ευρωεκλογές του 1989, του 1994 και του1999. Το 2004 δεν διεκδίκησε επανεκλογή στο ευρωκοινοβούλιο, επιθυμώντας να δραστηριοποιηθεί στο εσωτερικό πολιτικό σκηνικό. Στο 4ο Συνέδριο του ΣΥΝ (2004) ήταν ξανά υποψήφιος πρόεδρος του κόμματος, αλλά ηττήθηκε από τον Αλέκο Αλαβάνο. Στις εθνικές εκλογές του 2007είχε εκλεγείβουλευτής στη Β’ Αθηνών.

Έχει διατελέσει αντιπρόεδρος της Κοινωνικής Επιτροπής του Ευρωκοινοβουλίου, αντιπρόεδρος της ομάδας για την Ευρωπαϊκή Ενωτική Αριστερά και αντιπρόεδρος της Διακομματικής Επιτροπής για την προστασία των ζώων. Τον Ιανουάριο του 1992, εξελέγη αντιπρόεδρος της Επιτροπής Κοινωνικών Υποθέσεων και Απασχόλησης του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου. Επίσης έχει συμμετάσχει ως μέλος στην Επιτροπή Προϋπολογισμού και ως αναπληρωματικό μέλος στην Επιτροπή Οικονομικών Υποθέσεων και στην Επιτροπή Αναφορών, καθώς και στην Αντιπροσωπεία του Κοινοβουλίου για τις σχέσεις με τη Γιουγκοσλαβία.

Έχει διατελέσει, αντιπρόεδρος της Ελληνικής Επιτροπής για την Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΛΕΕΕ), που αποτελεί το ελληνικό τμήμα της Ευρωπαϊκής Κίνησης, υπερκομματικής ευρωπαϊκής οργάνωσης με έδρα τις Βρυξέλλες.

Τον Ιούνιο του 1997, τιμήθηκε με το ειδικό βραβείο ελληνοτουρκικής φιλίας “Ιπεκτσί” για τη δραστηριότητα του υπέρ της προσέγγισης της Ελλάδας με την Τουρκία.

Ανήκεστην Ανανεωτική Πτέρυγα του ΣΥΝ.Πρινλίγους μήνες, στις 16 Δεκεμβρίου 2008,είχε πεθάνει και ο αδελφός του, καθηγητής του Πολυτεχνείου, Λευτέρης Παπαγιαννάκης.