Επιμένει το υπουργείο Παιδείας στην εκλογή των Αντιπρυτάνεων με τον Γενικό Γραμματέα, Γιάννη Παντή να λέει στο συνέδριο της ΠΟΣΔΕΠ ότι «για μας δεν μπορεί να ασκεί κάποιος διοίκηση, στα ΑΕΙ, που δεν είναι εκλεγμένος» τονίζοντας ότι ως τον Μάιο θα είναι έτοιμος ο νόμος για τα Μεταπτυχιακά και το νέο σύστημα εκλογής διοικήσεων των ΑΕΙ.

Μάλιστα και ο ίδιος ο υπουργός, Κώστας Γαβρόγλου, είχε δηλώσει στη Σύνοδο των Πρυτάνεων την πρόθεση της ηγεσίας του υπουργείου να νομοθετήσει για την εκλογή και των Αντιπρυτάνεων.
«Διορισμένοι δεν υπάρχουν για εμάς» πρόσθεσε ο κ. Παντής, «δεν θέλουμε διορισμένους Αντιπρυτάνεις, προέδρους. Όλοι θα πρέπει να εκλέγονται με μια διαδικασία. Άρα και οι Αντιπρυτάνεις θα εκλέγονται και οι Πρυτάνεις και οι Κοσμήτορες, και οι Αναπληρωτές Κοσμήτορες. Θεωρούμε ότι ήταν ένα μεγάλο λάθος του προηγούμενου νόμου, που όποιος ήθελε διόριζε. Αυτά δεν πρέπει να γίνονται σε δημοκρατικές κοινωνίες».
Σχετικά με την δήλωση του κ. Παντή ότι «οι Πρυτάνεις διορίζουν τους «κηπουρούς» τους ως Αντιπρυτάνεις» το υπουργείο Παιδείας διευκρινίζει ότι η διατύπωση περί «κηπουρών» δεν είχε σκοπό να θίξει κανέναν, αλλά μεταφορικά να περιγράψει την ανάγκη κάθε θέση στις αρχές διοίκησης να προκύπτει με εκλογικές διαδικασίες, διότι αυτή είναι η δημοκρατική επιταγή.
Αντιδράσεις από την Σύνοδο των Πρυτάνεων

Από την πλευρά της η Σύνοδος των Πρυτάνεων στην συνεδρίαση της 18ης Ιανουαρίου 2017 σχολίασε για το θέμα ότι «ότι μια τέτοια ρύθμιση δεν εξασφαλίζει τον απαιτούμενο συντονισμό στη λειτουργία της Πρυτανείας και θέτει σε κίνδυνο την αποτελεσματικότητα της καθημερινής λειτουργίας του Πανεπιστημίου. Η Σύνοδος, αξιολογώντας τις εμπειρίες από τα διάφορα συστήματα εκλογής των Πρυτανικών Αρχών που εφαρμόστηκαν μέχρι σήμερα, τάσσεται υπέρ της διατήρησης του σημερινού συστήματος επιλογής (με την έγκριση των Αναπληρωτών από τη Σύγκλητο) ή εναλλακτικά της εκλογής ενιαίου Πρυτανικού σχήματος, αφού πρώτα εγκριθεί για κάθε Πανεπιστήμιο ο απαιτούμενος αριθμός Αντιπρυτάνεων».