Σ ήμα κινδύνου για τη διάσωση της λίμνης της Καστοριάς εκπέμπει ο δήμαρχος της πόλης κ. Ι.Τσαμίσης, καθώς ο όγκος των υδάτων της συρρικνώνεται και τα νερά της ρυπαίνονται από την ανεξέλεγκτη ρίψη φυτοφαρμάκων και άλλες ανθρώπινες δραστηριότητες. Παρ΄ ότι η λίμνη έχει περιληφθεί στο ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Νatura, εδώ και δεκαετίες δέχεται αστικά και γεωργικά απόβλητα. Προτού λειτουργήσει ο βιολογικός καθαρισμός, το 1990, τα αστικά λύματα κατέληγαν στον βυθό της. Σήμερα η λεκάνη απορροής εξακολουθεί να δέχεται φερτά υλικά από τους χειμάρρους που τροφοδοτούν τη λίμνη, με συνέπεια να δημιουργούνται προσχώσεις και να μειώνεται το βάθος της. Σημαντικές πηγές ρύπανσης αποτελούν οι γεωργικές εκμεταλλεύσεις στις παραλίμνιες εκτάσεις από τις οποίες απορρέουν στη λίμνη υπολείμματα λιπασμάτων και φυτοφαρμάκων.

Για τη σωτηρία του οικοσυστήματος απαιτείται άμεσος περιορισμός των ρυπογόνων πηγών, διευθέτηση των χειμάρρων, δημιουργία δεξαμενών καθίζησης και εφαρμογή επιστημονικών μεθόδων για τη διάσωση των ειδών χλωρίδας και πανίδας της λίμνης. Ολα αυτά προϋποθέτουν τη δημιουργία ενιαίου φορέα διαχείρισης για τη λίμνη της Καστοριάς ώστε να προχωρήσει η υλοποίηση μελέτης ολοκληρωμένης διαχείρισης των υδάτων, η διερεύνηση των υδρολογικών διεργασιών και η εξυγίανση της λίμνης με διαδικασίες που δεν θα διαταράξουν περισσότερο την οικολογική της ισορροπία.