Μόνιμη απειλή είναι πια η μόλυνση και η ρύπανση για τον Αξιό. Κάθε μέρα εκατοντάδες τόνοι αστικών και βιομηχανικών λυμάτων, αλλά και φυτοφαρμάκων από τα Σκόπια, ακολουθούν τον ρου του ποταμού, μολύνουν τις όχθες του και καταλήγουν στον Θερμαϊκό κόλπο. Επιστημονικοί φορείς και οικολογικές οργανώσεις κρούουν τον κώδωνα του κινδύνου για την περιοχή, καθώς το ποτάμι επιβαρύνεται όλο και περισσότερο. Ακόμη, στην άλλη πλευρά των συνόρων, οι τοπικές κοινωνίες βρίσκονται σε αναβρασμό, καθώς χημικά απόβλητα δεκάδων βιομηχανιών, αλλά και αστικά λύματα 13 πόλεων, κυκλοφορούν ανεξέλεγκτα στην κοίτη του ποταμού. Πρόσφατα στην πόλη Βέλες εμφανίστηκαν χιλιάδες νεκρά ψάρια και οι αρμόδιες υπηρεσίες της πΓΔΜ δεν έχουν καταφέρει ακόμη να δικαιολογήσουν το φαινόμενο. Το θέμα έφερε στη Βουλή ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ κ. Μιχ.Παπαγιαννάκης.