Να διακόψει τη λειτουργία του επ’ αόριστον, λόγω οικονομικών δυσχερειών, αποφάσισε το ΔΣ του Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης. Το πρόγραμμα του ΜΜΘ θα συνεχιστεί και θα ολοκληρωθεί κανονικά έως το Μάιο, αλλά από τον Σεπτέμβριο το κτίριο θα φιλοξενεί εκδηλώσεις, όχι όμως και δικές του μουσικές παραγωγές.
Το 2009 η επιχορήγηση ήταν περί τα 3.000.000 ευρώ, για το 2010 όμως και λόγω των ευρύτερων οικονομικών προβλημάτων, δεν έχει κατατεθεί ούτε καν η πρώτη δόση της επιχορήγησης, με αποτέλεσμα τη δυσκολία σχεδιασμού προγράμματος και τελικά τη διακοπή των καλλιτεχνικών δραστηριοτήτων του Μεγάρου.
Κατόπιν αυτών, ο καλλιτεχνικός διευθυντής του ΜΜΘ Νίκος Αθηναίος υπέβαλε την παραίτησή του δηλώνοντας: «Θεώρησα έντιμο να υποβάλω την παραίτησή μου ελλείψει, πλέον, αντικειμένου διαχείρισης». Τη θέση αυτή κατείχε ο κ. Αθηναίος επί δέκα συνεχή χρόνια, από την έναρξη λειτουργίας του Μεγάρου.
Το καλλιτεχνικό πρόγραμμα του ΟΜΜΘ θα συνεχισθεί κανονικά και θα ολοκληρωθεί τον Μάιο, ενώ το κτίριο από τον ερχόμενο Σεπτέμβριο θα φιλοξενεί μόνο καλλιτεχνικές και άλλες εκδηλώσεις, όχι όμως και δικές του μουσικές παραγωγές.
Από της ιδρύσεώς του (τον Ιανουάριο του 2000) η λειτουργία του Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης επιχορηγούνταν από το υπουργείο Πολιτισμού.
