Την ίδια ώρα έντονος προβληματισμός επικρατεί στην Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος καθώς πολλοί Μητροπολίτες εκτιμούν ότι οι τελευταίες εξελίξεις στην Αθωνική Πολιτεία προκαλούν κραδασμούς στις σχέσεις του κλήρου με τον λαό. Και δεν είναι λίγοι εκείνοι οι αρχιερείς που φοβούνται ότι με τα γεγονότα που εκτυλίχθηκαν το τελευταίο χρονικό διάστημα, επί της ουσίας μπαίνουν οι βάσεις για τον χωρισμό των σχέσεων Εκκλησίας και κράτους.