Τους σομαλούς πειρατές έχει «βοηθήσει» και «ο πόλεμος κατά της τρομοκρατίας» του προέδρου ΤζορτζΜπους. Οταν το 2006 οι ισλαμιστές ένοπλοι ανέλαβαν τον έλεγχο του Μογκαντίσου και άλλων περιοχών της Σομαλίας, πολέμησαν και νίκησαν αρκετές ένοπλες ομάδες που είχαν ανάμειξη και σε υποθέσεις πειρατείας. Αλλους τους προειδοποίησαν πως θα τιμωρούνταν βάσει της αυστηρότερης εκδοχής της «σαρία», του ισλαμικού νόμου. Η τακτική αυτή απέδωσε και το καλοκαίρι του 2006 δεν εκδηλώθηκε καμία πειρατεία.

Ωστόσο η κυβέρνηση Μπους, που προσπάθησε να εμποδίσει τους ισλαμιστές να ανέλθουν στην εξουσία υποστηρίζοντας την αντίπαλη ομάδα πολεμάρχων, θέλησε να τους ανατρέψει θεωρώντας ότι θα μετατρέψουν τη Σομαλία σε ορμητήριο της Αλ Κάιντα. Ετσι υποστήριξε τη στρατιωτική εισβολή της Αιθιοπίας στη χώρα, αφού το προηγούμενο αποστολής αμερικανικών στρατευμάτων εκεί είχε αποτύχει παταγωδώς.

Οι Αιθίοπες πράγματι ανέτρεψαν τους ισλαμιστές και εγκατέστησαν μια μεταβατική κυβέρνηση υπό την αιγίδα του ΟΗΕ. Ετσι η Σομαλία βυθίστηκε και πάλι στο χάος και στην αναρχία. Σήμερα η κατ΄ όνομα «κυβέρνηση» δεν μπορεί να ελέγξει ούτε το Μογκαντίσου, την πρωτεύουσα. Πολλοί πολέμαρχοι, φιλικά προσκείμενοι στη μεταβατική κυβέρνηση-«φάντασμα», υποστηρίζουν την πειρατεία, κυρίως στο Πούντλαντ, στη Βόρεια Σομαλία. Και μάλιστα εκφράζεται ευρέως η άποψη ότι η πειρατεία είναι μία μορφή… φορολόγησης των πλοίων που πλέουν στον Κόλπο του Αντεν!