Το καθεστώς κρατικών ενισχύσεων που εφαρμόστηκε από την Ελλάδα βάσει του νόμου 3220/2004 είναι ασυμβίβαστο με την Κοινή Αγορά και η κυβέρνηση πρέπει να ανακτήσει από τους «δικαιούχους» τις ασυμβίβαστες ενισχύσεις και μάλιστα εντόκως, σύμφωνα με απόφαση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Το θέμα αφορά περίπου 200 επιχειρήσεις και το ανακτηθέν ποσό ξεπερνά τα 300 εκατ. ευρώ. Είχαν επωφεληθεί περίπου 3.630 επιχειρήσεις, αλλά οι μικρομεσαίες δεν θίγονται.Ο εν λόγω νόμος προέβλεπε τη δυνατότητα επιχειρήσεων να συστήσουν ειδικό αφορολόγητο αποθεματικό σε ποσοστό ως 35% των κερδών τους με σκοπό την πραγματοποίηση επενδύσεων. Προτού ακόμη ψηφισθεί ο νόμος, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είχε ζητήσει πληροφορίες για το θέμα, αφού ο τότε υπουργός Οικονομίας κ. Ν. Χριστοδουλάκης δεν είχε ενημερώσει το θεσμικό όργανο της ΕΕ, ως είθισται σε παρόμοιες περιπτώσεις. Οι πληροφορίες τις οποίες ζήτησε η Ευρωπαϊκή Επιτροπή δεν δόθηκαν από το υπουργείο ή όσες δόθηκαν ήταν πολύ γενικές ή παρελκυστικές, με αποτέλεσμα να δημιουργηθεί μέγα ζήτημα στις σχέσεις των δύο πλευρών.

Ο νόμος ψηφίστηκε τελικά στις 15 Ιανουαρίου 2004, χωρίς να ληφθούν υπόψη οι παρατηρήσεις της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, σύμφωνα με τις οποίες οι ρυθμίσεις του εν λόγω νόμου αποτελούσαν παράνομη κρατική ενίσχυση.

Εκτοτε άρχισε μια αλληλογραφία μεταξύ του υπουργείου Οικονομίας και της Ευρωπαϊκής Επιτροπής η οποία ουσιαστικά κατέληξε στην κατάργηση των επίμαχων διατάξεων του νόμου με πρωτοβουλία του υπουργού Οικονομίας κ. Γ. Αλογοσκούφη.

Τώρα, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή στην απόφασή της αναφέρει ότι η Ελλάδα οφείλει να ανακτήσει από τους «δικαιούχους» τις ασυμβίβαστες ενισχύσεις και μάλιστα με τόκους από την ημερομηνία που τέθηκαν στη διάθεσή τους ως τον πραγματικό χρόνο της πραγματικής ανάκτησης. Επίσης η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ζητεί από το υπουργείο Οικονομίας να της διαβιβάσει ως το τέλος Σεπτεμβρίου τον κατάλογο των επιχειρήσεων που έχουν λάβει την ενίσχυση και το συνολικό ποσόν της ενίσχυσης που έχει ληφθεί από καθεμία, το συνολικό ποσόν (αρχικό κεφάλαιο και τόκοι ανάκτησης) το οποίο θα πρέπει να επιστραφεί από κάθε επιχείρηση, λεπτομερή περιγραφή των μέτρων που έχει λάβει ή έχει προγραμματίσει η ελληνική κυβέρνηση, προκειμένου να συμμορφωθεί με την παρούσα απόφαση και τα έγγραφα που αποδεικνύουν ότι έχει δοθεί εντολή στις επιχειρήσεις να επιστρέψουν τις ενισχύσεις.