Oκ. Φ.Μανούσης, πρώην ιδιοκτήτης τηλεοπτικού σταθμού, έχει ισχυρούς δεσμούς με το κόμμα της Νέας Δημοκρατίας και κυρίως με τον πρώην βουλευτή Θεσσαλονίκης κ. Σ. Κούβελα. Λόγω αυτών των γνωριμιών του ανέλαβε και τη θέση του γενικού γραμματέα του ΥΠΕΧΩΔΕ στις αρχές της δεκαετίας του ΄90. Ο κ. Μανούσης εισήλθε στην εταιρεία SΑΟS Ferries το 2001 και προχώρησε σε σειρά επενδύσεων και κυρίως στην αγορά νέων πλοίων. Ο κ. Μανούσης μάλιστα ανέλαβε πολλά δρομολόγια της άγονης γραμμής προκαλώντας τις αντιδράσεις πολλών άλλων επιχειρηματιών, όπως του κ. Γερ. Αγούδημου. Ο κ. Αγούδημος είχε μάλιστα καταφύγει- την περίοδο 2006-2007-στα δικαστήρια για την ευνοϊκή μεταχείριση του κ. Μανούση από το υπουργείο Αιγαίου. Ωστόσο στις αρχές του 2007 φαίνεται να υπάρχει «σύγκρουση» του κ. Παυλίδη με τον κ. Μανούση. Οπως αναφέρει ο κ. Παυλίδης στην επιστολή του προς τον εισαγγελέα του Αρείου Πάγου κ. Γ.Σανιδά ο ιδιοκτήτης της ναυτιλιακής εταιρείας τού ασκούσε εξοντωτικές πιέσεις ενώ τον απειλούσε με «αποκαλύψεις» για ύποπτες συναλλαγές του σχετικά με τις άγονες γραμμές του Αιγαίου.

Οπως σημειώνει ο κ. Παυλίδης έναυσμα της πίεσης του κ. Μανούση ήταν η απόρριψη της πρότασης για την ένταξη ενός πλοίου του στις άγονες γραμμές όταν από μελέτη που συνέταξε το Πολυτεχνείο προέκυψε ότι το συγκεκριμένο πλοίο δεν έχει τις προδιαγραφές (μηχανική ισχύς, ταχύτητα κι άλλα) οι οποίες παρουσιάζονταν στα επίσημα έγγραφά του.