«Παρακολουθώ τον υπουργό Εξωτερικών να περιφέρεται στα κανάλια και να απειλεί με δημοσιοποίηση απορρήτων εγγράφων. Είναι η γνωστή στη γενιά μας λογική της Στάζι. Άλλωστε εσείς κύριε Κοτζιά, έχετε εμπειρία από τη συνεργασία σας με το αλήστου μνήμης καθεστώς Χόνεκερ», είπε στην Βουλή η Ντόρα Μπακογιάννη, φράση που πυροδότησε άγρια «κόντρα» με τον υπουργό Εξωτερικών Ν. Κοτζιά.
«Σας προκαλώ, λοιπόν, τώρα να τα καταθέσετε όλα στα πρακτικά της Βουλής. Όλα όμως! Και μια και κάνετε τον κόπο, ας καταθέσετε και τους φακέλους των δικών σας συνομιλιών κύριε υπουργέ. Εκτός κι αν έχετε κάτι να κρύψετε», του είπε, σε μια προσπάθεια να προκαταλάβει τις αποκαλύψεις που φέρεται έτοιμος να κάνει ο κ. Κοτζιάς σχετικά με το Σκοπιανό. Ο υπουργός Εξωτερικών εξοργίστηκε με την απόπειρα της πρώην υπουργού της ΝΔ να τον συνδέσει με το καθεστώς Χόνεκερ της άλλοτε Ανατολικής Γερμανίας. Και ζητώντας τον λόγο είπε ότι «επανέλαβε τις ύβρεις για τις οποίες περιοδικό που συνδέεται με την κυρία Μπακογιάννη έχει καταδικαστεί και πρωτόδικα και στο εφετείο τελεσίδικα». Την κάλεσε μάλιστα είτε να τις πάρει πίσω είτε να ζητήσει την άρση της ασυλίας της προκειμένου να δώσει λόγο για όλα αυτά στην Δικαιοσύνη. Η βουλευτής της ΝΔ δεν δίστασε να τον προτρέψει να της κάνει μήνυση και εκείνη θα ζητήσει την άρση της ασυλίας της, ενώ τον κατηγόρησε ότι «έχει αποδειχθεί ότι δεν είστε καθηγητής στο Χάρβαρντ και στην Οξφόρδη και αυτό το φάγατε». «Κάντε μου μήνυση κι εγώ δεν θα κρυφτώ πίσω από την ασυλία μου», του είπε.
Ο υπουργός Εξωτερικών την κατηγόρησε ότι ψεύδεται. «Είναι γνωστά τα ψεύτικα δημοσιεύματα όσον αφορά την επιστημονική μου κατάρτιση. Η κυρία Μπακογιάννη έχει στο κόμμα της τον πρύτανη του Πανεπιστημίου Πειραιά που βεβαίωσε πως ό,τι έχω πει είναι αληθές», είπε ο κ. Κοτζιάς ενώ για την ακαδημαϊκή του πορεία είπε ότι έχει ιδρύσει στην Οξφόρδη ολόκληρο πρόγραμμα σπουδών, ενώ στο πανεπιστήμιο του Αμβούργου υπήρξε επισκέπτης καθηγητής.
Όσον αφορά το Χάρβαντ τόνισε ότι ουδέποτε είπε πως ήταν καθηγητής του, αλλά ότι υπήρξε ερευνητής του. Και ενημέρωσε ότι καμία σχέση δεν είχε με την Ανατολική Γερμανία καθώς σπούδασε στην Δυτική. Ενώ περνώντας στην αντεπίθεση τόνισε: «Η κυρία Μπακογιάννη να μας πει κάποτε πώς απέκτησε το πτυχίο της και από ποιες χώρες έκανε μετεγγραφή».