«Πρώτη πολίων πασέων ελληνίδων και βαρβάρων», Ηρόδοτος.Στο σταυροδρόμι της Κεντρικής Ελλάδας με την Ανατολή και την Αφρική, η Σάμος, από τα πιο όμορφα και πιο πράσινα νησιά του Ανατολικού Αιγαίου, υπήρξε το στολίδι του ιωνικού πολιτισμού φωτίζοντας ολόκληρη την ανθρωπότητα.
Ιδιαίτερα στο χώρο του Ηραίου οι ανασκαφές αποδεικνύουν ότι ο περίφημος ναός της Ηρας είχε παγκόσμια φήμη και επισκέπτες από όλον τον κόσμο (Αίγυπτος, Μεσοποταμία, Ασσυρία, Βαβυλώνα, Συρία, Περσία, Φοινίκη κ.ά.) Η διεθνής ακτινοβολία του Ηραίου καταδεικνύεται επίσης από τον πλούτο των αφιερωμάτων προς τη θεά (μάρμαρο, πηλός, γυαλί, χαλκός, ελεφαντόδοντο, χρυσός) και τους κολοσσικούς κούρους στη βόρεια παρυφή της Ιεράς Οδού που επιστρώθηκε τον 2ο-3ο αι. μ.Χ.
Σύμφωνα με τη μυθολογία το νησί πήρε το όνομά του από τον Σάμο, τον γιο του Αγκαίου, ο οποίος το ανακάλυψε. Ωστόσο η ρίζα της βρίσκεται στη λατινική λέξη sama που σημαίνει «ψηλά» και επαληθεύεται από την ύπαρξη των ψηλών βουνών, του Κέρκη ή Κερκετέα. Ανασκαφές στην περιοχή αποδεικνύουν ότι η αρχαία Σάμος κατελάμβανε τη θέση της σημερινής πόλης του Πυθαγορείου και ότι η αρχαία πόλη κατοικήθηκε για πρώτη φορά στο λόφο του Κάστρου των νεολιθικών χρόνων (4η χιλιετία π.Χ.).
Στα μέσα του 6ου αι. π.Χ. και κατά τη διάρκεια της τυραννίας του Πολυκράτη, γιου του Αιάκη, η Σάμος (Πυθαγόρειο) βρέθηκε στην ακμή της. Μία τεράστια ναυτική δύναμη με αποικίες στην ακτή της Ιωνίας, στη Θράκη και στη Δύση (ο πυκνός δασικός πλούτος του νησιού εξασφάλισε την ξυλεία που συνετέλεσε στην κατασκευή εμπορικών και πολεμικών πλοίων κάνοντας θαλασσοκράτειρα τη Σάμο).
Εκτός από τον μεγάλο ναό της θεάς Ηρας, τον «μέγιστο νηό ων ημείς ίδμεν» σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, σημαίνουσα θέση κατέχουν το Ευπαλίνειο Ορυγμα και το λιμάνι, έργα που επίσης χρονολογούνται από την εποχή της αρχαιότητας. Στο τρίτο βιβλίο του ο Ηρόδοτος αντιστοίχως τα χαρακτηρίζει το «Αμφίστομον όρυγμα» και το «Χώμα εν θαλάσσει».
