Το ιστορικό κτίριο του Ορφανοτροφείου της Πριγκίπου βρίσκεται σε μια πευκόφυτη έκταση περίπου 30 στρεμμάτων στον Λόφο του Χριστού, στο καλύτερο σημείο του ομώνυμου νησιού, του μεγαλύτερου από τα εννέα του νησιωτικού συμπλέγματος των Πριγκιποννήσων, στην Προποντίδα. Το κτίριο ανεγέρθηκε το 1860 ως ξενοδοχείο, προτού αγοραστεί από το ζεύγος Ζαρίφη (γνωστή οικογένεια τραπεζιτών), για να δωρηθεί στην ελληνική κοινότητα της Πόλης. Η προνομιακή θέση του δεν διέλαθε της προσοχής των τουρκικών αρχών, αλλά κυρίως των διάφορων οικονομικών συμφερόντων που εποφθαλμιούσαν την πολύτιμη έκταση. Σύμφωνα με εκτιμήσεις μειονοτικών στελεχών, η αξία του κεντρικού κτιρίου του Ορφανοτροφείου και των 10 ακινήτων που ανήκουν σε αυτό ξεπερνά τα 30 εκατ. ευρώ.
Το 1964 η λειτουργία του Ορφανοτροφείου απαγορεύθηκε και το κτίριο κατελήφθη από τις τουρκικές αρχές, με αποτέλεσμα 117 αγοράκια και 46 κοριτσάκια να μείνουν στον δρόμο, κατά παράβαση των άρθρων 37, 40 και 42 της Συνθήκης της Λωζάννης. Το Φανάρι, από την πλευρά του, σε μια προσπάθεια να εκμεταλλευθεί έκτοτε το ερειπωμένο κτίριο επιχείρησε να το ενοικιάσει για 98 χρόνια σε τουρκική εταιρεία η οποία θα το μετέτρεπε σε ξενοδοχείο. Η τουρκική κυβέρνηση ωστόσο απαγόρευσε την υλοποίηση της συμφωνίας αυτής, καθαίρεσε την εφορευτική επιτροπή του ιδρύματος και το μεταβίβασε στο τουρκικό δημόσιο.
Μετά την εξέλιξη αυτή το Οικουμενικό Πατριαρχείο επιχείρησε να προσβάλει την απόφαση της τουρκικής κυβέρνησης με δύο δίκες. Η πρώτη αφορούσε την απόφαση καθαίρεσης της εφορευτικής επιτροπής. Το δικαστήριο απέρριψε την προσφυγή του Πατριαρχείου με το πρωτοφανές σκεπτικό ότι στις δίκες κατά του κράτους μπορεί να ζητηθεί η διόρθωση των αποφάσεων της διοίκησης, όχι όμως η ακύρωσή τους. Η δεύτερη δίκη στρεφόταν κατά της απόφασης για την ακύρωση των τίτλων ιδιοκτησίας του Πατριαρχείου. Η πρωτόδικη απόφαση του δικαστηρίου και σε αυτή την περίπτωση ήταν αρνητική για το Φανάρι, το οποίο εξάντλησε στη συνέχεια τα ένδικα μέσα εντός της Τουρκίας με προσφυγή στο ανώτατο Εφετείο στην Αγκυρα. Μετά την απορριπτική απόφαση και του Εφετείου, το 2005, το Οικουμενικό Πατριαρχείο προσέφυγε στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, το οποίο το δικαίωσε με τη χθεσινή απόφασή του.
