Ο Γιάννης Μπανιάς τον αποκαλούσε χαϊδευτικά «Φλομπέρ», τα δε λαγωνικά της Ασφάλειας τον είχαν καταγράψει λάθος ως «Φλαμπούρη». Ήταν τα χρόνια του Γκράτς και των σπουδών στην Αυστρία όπου ο Αλέκος Φλαμπουράρης ανέπτυξε έντονη δραστηριότητα στον σύλλογο των Ελλήνων φοιτητών μαζί με τον μετέπειτα γραμματέα του ΚΚΕ Εσωτερικού Γιάννη Μπανιά και άλλους, ως μέλη του παράνομου ΚΚΕ και στην πορεία της Νεολαίας Λαμπράκη.
Αν και μακριά από την Ελλάδα των παρακρατικών μηχανισμών και της μετεμφυλιακής μισαλλοδοξίας, οι αγωνιστές φοιτητές του Γκράτς θα «γευτούν» αρκετές φορές τον εξτρεμισμό της ΕΚΟΦ, της Εθνικής Κοινωνικής Οργάνωσης Φοιτητών που είχε δημιουργήσει η ΕΡΕ του Κωνσταντίνου Καραμανλή και συνέβαλλε τα μέγιστα στο «έργο» που επιτελούσαν τότε η Ασφάλεια και η ΚΥΠ. Ο Φλαμπουράρης θα τραυματιστεί σε μια επεισοδιακή συνέλευση του συλλόγου, όπου οι ΕΚΟΦίτες προκάλεσαν συμπλοκές επιτιθέμενοι ακόμα και με μαχαίρια και θα καταλήξει στο νοσοκομείο (τον είχαν μαχαιρώσει στην ωμοπλάτη).
Το 1959 βρέθηκε για σπουδές στο Πολυτεχνείο του Γκράτς, από όπου και αποφοίτησε και η ένταξή του στις γραμμές της κομμουνιστικής Αριστεράς χρονολογείται από το 1963 και στην Νεολαία Λαμπράκη από το 1965, όταν πια είχε επιστρέψει στην Ελλάδα, όπου σπούδασε στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Όταν έγινε το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου 1967, είχε κρυφτεί στο Σέιχ-Σου και λίγες μέρες αργότερα κατόρθωσε να κατέβει στην Αθήνα με τρένο. Ήταν η χρονιά που κλήθηκε για στράτευση. Παρουσιάστηκε στο στρατόπεδο της Κορίνθου. Κατηγορήθηκε ότι μαζί με άλλους συμμετείχε στην βομβιστική επίθεση στην Θεσσαλονίκη που οργάνωσε ανεπιτυχώς το Πατριωτικό Μέτωπο (ΠΑΜ) τον Σεπτέμβριο του 1967, στον υποσταθμό της ΔΕΘ δίπλα στο Καυταντζόγλειο, κατά την διάρκεια των εγκαινίων της Έκθεσης παρουσία του Παπαδόπουλου, του Κόλλια και άλλων «κορυφαίων» του καθεστώτος, όμως, όπως διαπιστώθηκε από το δικαστήριο, ο ίδιος υπηρετούσε την θητεία του.
Συμμετείχε ενεργά στις προσπάθειες που είχαν γίνει εν μέσω δικτατορίας για να συγκροτηθεί μαζί με μετέπειτα ηγετικά στελέχη του ΠαΣοΚ (Γεννηματάς, Σουλαδάκης, Κουλουμπής κ.ά.) ένας πυρήνας που θα έδινε την μάχη για την εκλογή προοδευτικής διοίκησης στο Σύλλογο Πολιτικών Μηχανικών. Μετά τη διάσπαση του ΚΚΕ στην 12η Ολομέλεια του 1968 συντάχθηκε με το ΚΚΕ Εσωτερικού και υπήρξε στέλεχός του (μέλος του Πολιτικού Γραφείου), ενώ μετά την διάσπαση του κόμματος και την δημιουργία της ΕΑΡ από τον Λεωνίδα Κύρκο, ακολούθησε τον Γιάννη Μπανιά στο ΚΚΕ Εσωτερικού – Ανανεωτική Αριστερά και στην συνέχεια στην ΑΚΟΑ, όπως και πολλοί άλλοι μετέπειτα υπουργοί της κυβέρνησης Τσίπρα (Νίκος Βούτσης, Νίκος Φίλης, Πάνος Σκουρλέτης, Κώστας Γαβρόγλου, Θεανώ Φωτίου κ.ά.).
Υπήρξε μεταξύ των στελεχών του Συνασπισμού της Αριστεράς και της Προόδου συμμετέχοντας στο «Αριστερό Ρεύμα», την αριστερή τάση του κόμματος και το 2000 ήταν μεταξύ των εμπνευστών του Χώρου Διαλόγου και Κοινής Δράσης της Αριστεράς, που αποτέλεσε το πεδίο συνεύρεσης των κομματικών φορέων και συνιστωσών που αποτέλεσαν τον ΣΥΡΙΖΑ. Υπήρξε υπεύθυνος εκ μέρους του κόμματος για την Νεολαία του ΣΥΝ όπου συνεργάστηκε με τον Αλέξη Τσίπρα, τον οποίο γνώριζε ήδη από παιδί, καθώς είχε συνεργαστεί με τον πατέρα του, ως πολιτικοί μηχανικοί, ενώ στήριξε μαζί με άλλους της «ομάδας Μπανιά» τον νεαρό πολιτικό στην καθοριστική διαμάχη με τον Αλέκο Αλαβάνο μετά τις ευρωεκλογές του 2009, όταν ο άνθρωπος που του έδωσε το «δαχτυλίδι» της διαδοχής στον ΣΥΝ μετάνιωσε για την απόφασή του να προωθήσει τον φιλόδοξο κ. Τσίπρα και τον περίγυρό του.
Ο Φλαμπουράρης υπήρξε για κάποιους «δεύτερος πατέρας» του Αλέξη Τσίπρα και έγινε ο παππούς που δεν είχαν τα παιδιά του (στο εξοχικό του σπίτι στην Αίγινα η οικογένεια Τσίπρα πέρασε ατελείωτα καλοκαίρια), ενώ υπήρξε υπουργός Επικρατείας και έμπιστος σύμβουλός του σε όλα τα μείζονα ζητήματα που κλήθηκε να διαχειριστεί την περίοδο της πρωθυπουργίας του. Ως υπουργός ανέλαβε τον συντονισμό του κυβερνητικού έργου στην πρώτη κυβέρνηση του ΣΥΡΙΖΑ το 2015, αξίωμα που διατήρησε και στην δεύτερη κυβέρνηση μέχρι τον ανασχηματισμό του Νοεμβρίου 2016 όταν ορίστηκε υπουργός Επικρατείας αρμόδιος για θέματα της καθημερινότητας του Πολίτη. Ο Αλέκος Φλαμπουράρης ήταν πίσω από κάθε μικρή και μεγάλη απόφαση του κ. Τσίπρα καθώς τον συμβουλευόταν πάντα.
Όμως οι σχέσεις του και οι επαφές του δεν περιορίζονταν στον αυστηρά κομματικό του χώρο. Ήταν από την εποχή του ΚΚΕ Εσωτερικού ο άνθρωπος που αποτελούσε την γέφυρα επικοινωνίας με τον χώρο των διανοουμένων αλλά και τον χώρο της επιχειρηματικότητας, καθώς υπήρξε ο ίδιος δραστήριος επαγγελματίας στον χώρο των κατασκευών. Ακόμα και την περίοδο της ανάληψης των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004 που η Κουμουνδούρου είχε αντιταχθεί, ο Φλαμπουράρης κρατούσε διαύλους με τον πανίσχυρο τότε ΥΠΕΧΩΔΕ Κώστα Λαλιώτη, ενώ η Γιάννα Αγγελοπούλου μπορούσε να ενημερώνει την Κουμουνδούρου για την εξέλιξη των έργων. Δεν έκρυβε την αγάπη του στην ΑΕΚ και ήταν εκείνος που είχε αναλάβει την προσέγγιση ΣΥΡΙΖΑ-Μελισσανίδη που άνοιξε τον δρόμο για την κατασκευή του γηπέδου της Νέας Φιλαδέλφειας, ενώ οι επιχειρηματικές διασυνδέσεις ήταν ευρύτερες και «διακομματικές».
