Το 1954 ο Χαρίλαος Φλωράκης επιστρέφει παράνομα στην Ελλάδα για να συμβάλει στην ανασυγκρότηση των οργανώσεων του ΚΚΕ και συλλαμβάνεται. Είχε προηγηθεί η σύλληψη (1950) και η εκτέλεση (1952) του Νίκου Μπελογιάννη και των συντρόφων του, ο οποίος είχε σταλεί από την ηγεσία του κόμματος για τον ίδιο σκοπό, καθώς ο παράνομος μηχανισμός του ΚΚΕ είχε υποστεί σοβαρά πλήγματα από την Ασφάλεια.
Οι απεγνωσμένες προσπάθειες του Νίκου Πλουμπίδη προκειμένου να σωθεί ο Μπελογιάννης (ανοιχτή επιστολή με την οποία δήλωνε ότι θα παραδινόταν στις Αρχές καθώς εκείνος ήταν ο επικεφαλής του παράνομου κομματικού δικτύου) απέβησαν άκαρπες (συνελήφθη λίγους μήνες μετά την εκτέλεση του «ανθρώπου με το γαρίφαλο» και εκτελέστηκε το 1954 αποκηρυγμένος από τον Νίκο Ζαχαριάδη ως «πράκτορας»).
Οι αναφορές για «μεγάλη επιτυχία»
Η σύλληψη του Φλωράκη κρίθηκε ως μεγάλη επιτυχία για το μετεμφυλιακό κράτος. Μεγαλύτερη μάλιστα από εκείνη της σύλληψης του Μπελογιάννη, ο οποίος θεωρούσαν ότι ήταν χαμηλότερου βεληνεκούς από τον Φλωράκη – ο πρώτος ήταν ταγματάρχης του ΔΣΕ ενώ ο δεύτερος υποστράτηγος.
«Το αποτέλεσμα της ενεργείας των σωμάτων Ασφαλείας του Κράτους εις εκτέλεσιν της εντολής της Κυβερνήσεως αποτελεί την μεγαλυτέραν επιτυχίαν του Ελληνικού Κράτους από του τέλους του συμμοριτοπολέμου μέχρι σήμερον εις τον αγώνα του εναντίον της ανθελληνικής και υπονομευτικής δράσεως του Διεθνούς και Ελληνικού Κομμουνισμού εν Ελλάδι».
Αυτό ανέφερε απόρρητο έγγραφο της Κρατικής Υπηρεσίας Πληροφοριών (ΚΥΠ), το οποίο περιλαμβάνεται μεταξύ των εγγράφων που αποχαρακτηρίστηκαν προσφάτως από την ΕΥΠ για την περίοδο εκείνη.

Μάλιστα υπογραμμιζόταν ότι η δημόσια ανακοίνωση της σύλληψης «ενδείκνυται να γίνη υπό του Πρωθυπουργού στρατάρχου κ. Παπάγου εις μιαν πρεσκονφεράνς προς τούτο ειδικώς οργανωμένην κατά την οποίαν θα προβληθή εις το εσωτερικόν και εξωτερικόν η εθνική και διεθνής σημασία της μεγάλης αυτής επιτυχίας της Ελληνικής Κυβερνήσεως και θα υπογραμμισθή η σθεναρά και άγρυπνος στάσις της εις τον αγώνα της εναντίον των υπούλων, υπονομευτικών και κρυφών ενεργειών των Κρατών του σιδηρού Παραπετάσματος (…)».
Ο καπετάν Γιώτης και οι άλλοι
Οπως αναφέρεται στο έγγραφο «η πρώτη απόπειρα αναδιοργανώσεως γενομένη διά της ομάδος του Μπελογιάννη απέτυχε», όμως «η ηγεσία του Διεθνούς και Ελληνικού Κομμουνισμού μετά την οικτράν αποτυχίαν της ομάδος Μπελογιάννη δεν παρητήθη των προσπαθειών της».

Αντιθέτως, «επύκνωσεν τας παρανόμους αποστολάς πρακτόρων και κατασκόπων του Διεθνούς Κομμουνισμού οι οποίοι εξεπαιδεύθησαν εις στρατιωτικήν και πολιτικήν Ακαδημίαν της Μόσχας και εις άλλας στρατιωτικάς σχολάς της Ρωσίας και των δορυφόρων της και δια’ αυτών προέβη εις την εκ των άνω στελέχωσιν:
1) Του εν Αθήναις κλιμακίου του ΠΓ της ΚΕ του ΚΚΕ διορίσας ως γραμματέα τούτου τον Χαρίλαον Φλωράκην ή καπετάν Γιώτην, ο οποίος ειδικώς εξεπαιδεύθη εις την στρατιωτικήν και πολιτικήν Ακαδημίαν της Μόσχας.
2) Της ΚΟ Αθηνών επί κεφαλής της οποίας ετοποθέτησε τον Γρηγόριον Λιόλιον ή καπετάν Γιόλην ειδικώς εκπαιδευθέντα εις στρατιωτικήν πολιτικήν και κατασκοπευτικήν σχολήν της Τσεχοσλοβακίας.
3) Της ΚΟ Πειραιώς επί κεφαλής της οποίας ετοποθέτησεν τους συμορίτας Κυριάκον Τσακύρην και Σταύρον Καρράν, ειδικώς εκπαιδευθέντας εις σχολάς του σιδηρού Παραπετάσματος».
Η σύλληψη του Φλωράκη (και 87 ακόμα κομμουνιστών) κρατήθηκε για πάνω από έναν μήνα κρυφή και δημοσιοποιήθηκε στις αρχές Σεπτεμβρίου 1954 από τον Παπάγο, σύμφωνα με τις συστάσεις της ΚΥΠ
Το «κομμουνιστικό δίκτυο κατασκοπείας»
Η σύλληψη του Φλωράκη (και 87 ακόμα κομμουνιστών) κρατήθηκε για πάνω από έναν μήνα κρυφή και δημοσιοποιήθηκε στις αρχές Σεπτεμβρίου 1954 από τον Παπάγο, σύμφωνα με τις συστάσεις της ΚΥΠ. Σε άλλο απόρρητο έγγραφο «περί του αποκαλυφθέντος κομμουνιστικού δικτύου», η υπηρεσία προωθεί αρμοδίως αναλυτικό σημείωμα με τις πληροφορίες για το «κομμουνιστικό δίκτυο κατασκοπείας».
«Μετά την στρατιωτικήν συντριβήν της κομμουνιστικής επαναστάσεως να καταλάβη βιαίως την εξουσίαν κατά την περίοδον του 1946-1949, η ηγεσία του ΚΚΕ με τα υπολείμματα του συμμοριοπολέμου διέφυγεν προς τας χώρας του Παραπετάσματος όπου έκτοτε καταβάλλει προσπαθείας αναδιοργανώσεως των δυνάμεών της εν Ελλάδι» αναφέρουν οι ΚΥΠατζίδες σημειώνοντας πως «ένα από τα προβλήματα τα οποία αντιμετώπισεν το ΚΚΕ εις την προσπάθειάν του ταύτην ήτο η δημιουργία ικανών και αφοσιωμένων στελεχών εις τα οποία θα ηδύνατο να εμπιστευθή την αναδιοργάνωσιν του παράνομου μηχανισμού του εις το εσωτερικόν της χώρας και την εγκαθίδρυσιν των δικτύων πληροφοριών και κατασκοπείας».
Η δίκη της Αθήνας και η Γυάρος
Σύμφωνα με τις κατευθύνσεις του Ζαχαριάδη στην 7η Ολομέλεια του 1950 «ήρχισεν η εκπαίδευσις στελεχών του ΚΚΕ εις διαφόρους σχολάς των χωρών του παραπετάσματος, πολλά των οποίων μετά την επιτυχή αποφοίτησίν των εκ τούτων, προωθήθηκαν κρυφίως εις την Ελλάδα με σαφείς εντολές την διενέργειαν κατασκοπείας εις βάρος της χώρας και την αναδιοργάνωσιν των παρανόμων οργανώσεων του ΚΚΕ». Στο πλαίσιο αυτό η πρώτη αποστολή «ήτο υπό τον ΜΠΕΛΟΓΙΑΝΝΗΝ ο οποίος απέτυχε να οργανώση ένα πλήρες δίκτυον κατασκοπείας». «Μετά την αποτυχίαν της ομάδος ΜΠΕΛΟΓΙΑΝΝΗ εις την εκπλήρωσιν της κατασκοπευτικής της αποστολής, η εις το παραπέτασμα ευρισκομένη ηγεσία του ΚΚΕ απέστειλε ετέραν ομάδα με την αυτήν αποστολήν», όμως «αι αρχαί Ασφαλείας ενήμεροι των προθέσεων της ηγεσίας του ΚΚΕ επέτυχαν εκ νέου τελευταίως την εξουδετέρωσιν και της δευτέρας ταύτης προσπαθείας του ΚΚΕ και του Διεθνούς κομμουνισμού διά της συλλήψεως σοβαρών στελεχών της ομάδος ταύτης» με πρώτο και καλύτερο τον Φλωράκη για τον οποίο αναφέρονται τα εξής:
«Χαρίλαος ΦΛΩΡΑΚΗΣ (ψευδώνυμον ΓΙΩΤΗΣ), παλαιόν και φανατικόν στέλεχος του ΚΚΕ ο οποίος κατά την διάρκειαν του συμμοριοπολέμου ήτο διοικητής Μεραρχίας συμμοριτών με τον βαθμόν του “Υποστρατήγου”. Ούτος θεωρείται ως ειδικός εις τα ζητήματα της κατασκοπείας και των πληροφοριών και κατά το 1944 ήτο εις στενωτάτην επαφήν με την Σοβιετικήν Στρατιωτικήν Αποστολήν εν Ελλάδι, υπό τον Συν/ρχην ΠΟΠΩΦ και τον Αντ/ρχην ΤΣΕΡΝΙΤΣΕΦ. Κατά το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου ο τελευταίος ούτος ετοποθετήθη ως επιτετραμμένος της Σοβιετικής Πρεσβείας εις τας Αθήνας και παρέμεινεν εις την θέσιν του ταύτην μέχρι της αποκαταστάσεως των διπλωματικών σχέσεων μεταξύ της Ελλάδος και της Σοβ. Ενώσεως, προ 2 περίπου ετών. Μετά την συντριβήν του συμμοριοπολέμου, ο ΦΛΩΡΑΚΗΣ διέφυγεν εις το Παραπέτασμα όπου απήλαυε της πλήρους εμπιστοσύνης του Διεθνούς και ελληνικού κομμουνισμού. Κατόπιν τούτου ούτος επελέγη όπως φοιτήση επί δυο έτη εις την Στρατιωτικήν Ακαδημίαν της Μόσχας “ΦΡΟΥΤΖΕ” εκ της οποίας μετά την επιτυχή αποφσίτησίν του, εστάλη εις Ελλάδα επί κεφαλής του παρανόμου κλιμακίου ίνα αντικαταστήση τον ΜΠΕΛΟΓΙΑΝΝΗ εις την αναδιοργάνωσιν του κατασκοπευτικού δικτύου του εργαζομένου επ’ ωφελεία του Διεθνούς κομμουνισμού. Ο ΦΛΩΡΑΚΗΣ εισήλθεν εις την Ελλάδα διά της Βουλγαρίας κατά τας αρχάς του 1954 και εσυνοδεύθη μέχρι των ελληνικών συνόρων από Βουλγάρους Αξ/κούς της υπηρεσίας Πληροφοριών».
Συνελήφθη στις 27.7.1954. «Κατά την σύλληψήν του έφερε μεθ’ εαυτού πλαστόν δελτίον ταυτότητος υπό τα στοιχεία ΠΑΠΑΔΗΜΗΤΡΙΟΥ Γρηγόριος του Ιωάννου». Θα περάσει από διάφορες δίκες. Θα μείνει στην ιστορία η μεγάλη «δίκη της Αθήνας», το 1960, όπου θα καταδικαστεί σε ισόβια κάθειρξη για κατασκοπεία.
Θα μείνει στη φυλακή ως το 1966. Από την αποφυλάκισή του «ως επαγγελματοποιημένον κομματικόν στέλεχος του ΚΚΕ ανέπτυξεν έντονον κομμουνιστικήν δραστηριότητα», ενώ «τnv 21.4.67 συλληφθείς εξετοπίσθη επί έν έτος εις νήσον Γυάρον, δυνάμει της υπ’ αριθ. 3/71 αποφάσεως ΕΔΑΝ Αττικής, παραταθείσης της εκτοπίσεώς τους διαδοχικώς έως την 18.12.1971, ότε αφέθη ελεύθερος» και «ακολούθως εντάχθη εις τον παράνομον μηχανισμό του ΚΚΕ παρά του οποίου εφυγαδεύθη εις την αλλοδαπήν», όπου και αναδείχθηκε σε Α’ γραμματέα του ΚΚΕ το 1972.
