Ο Tom Cruise είναι πατέρας 3 παιδιών. Υιοθέτησε δύο παιδιά με τη Nicole Kidman κατά τη διάρκεια του γάμου τους: την 32χρονη Isabella και τον 30χρονο Connor. Ωστόσο, o σταρ έχει επίσης μια κόρη, τη Suri, με την πρώην σύζυγό του, Katie Holmes.
Ο 62χρονος ηθοποιός έχει αποξενωθεί από την κόρη του, Suri εδώ και χρόνια, με πολλά δημοσιεύματα να ισχυρίζονται ότι έχει να τη δει από το καλοκαίρι του 2012, όταν επισκέφτηκαν μαζί το Disney World. Ο ίδιος, μάλιστα, φάνηκε να αιφνιδιάζεται όταν ρωτήθηκε για τα σχέδιά του για την «ιδανική» Ημέρα του Πατέρα, στην πρεμιέρα της ταινίας «Mission: Impossible — The Final Reckoning» στη Νέα Υόρκη πριν περίπου έναν μήνα.
Η αμηχανία στην απάντησή του ήταν εμφανής: Κάνοντας μία παύση, ο ηθοποιός δήλωσε: «Απλώς διασκεδάζω, φίλε», πριν στρέψει τη συζήτηση πίσω στην τέχνη του. «Γυρίζω ταινίες, μεγάλες περιπέτειες, περνάω υπέροχα».
Ο ερχομός της κόρης του Tom Cruise και της Katie Holmes πίσω στο 2006, προκάλεσε παγκόσμια φρενίτιδα στα μίντια και όλοι ήθελαν να δουν το μωρό του διάσημου ζευγαριού. Πέντε μήνες μετά πόζαρε για το πρώτο της εξώφυλλο του Vanity Fair, στην αγκαλιά των γονιών της, σε φωτογραφίες που τράβηξε η Annie Leibovitz.
