Ταυτόχρονα και παράλληλα με τις απελάσεις, κατόπιν αποφάσεων της Ειδικής Επιτροπής Μειονοτήτων, τέθηκαν σε εφαρμογή τα παρακάτω καταπιεστικά και αντιμειονοτικά μέτρα:
  • Διορίστηκαν στα ελληνικά μειονοτικά σχολεία τούρκοι υποδιευθυντές που περιόριζαν τις αρμοδιότητες των ρωμιών μειονοτικών διευθυντών και απομακρύνθηκαν όλα τα σύμβολα που θύμιζαν την ελληνορθόδοξη ταυτότητα και τον πολιτισμό (ελληνικές επιγραφές και ακόμη πλαίσια παραθύρων σε σχήμα σταυρού). Παύθηκε από τα καθήκοντά του χωρίς καμία αιτιολογία μεγάλος αριθμός ρωμιών εκπαιδευτικών. Ο γενικός διευθυντής Παιδείας της Πόλης, καλώντας σε συνάντηση περί τα τέλη του Ιανουαρίου του 1964 τους διευθυντές και δασκάλους των ελληνικών μειονοτικών σχολείων, δήλωσε ότι ο μόνος λόγος για τον οποίο ο ίδιος δεν εφήρμοσε σκληρότητα και βία κατά της ελληνορθόδοξης κοινότητας της Πόλης ήταν ότι αυτό δεν εξυπηρετούσε τα εθνικά συμφέροντα της χώρας, προκαλώντας με αυτή τη δήλωση μια ατμόσφαιρα πανικού και ανησυχίας.
  • Μαθητές με καταγωγή προγόνων τους από την Ηπειρο επί της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, που καταγράφονταν ως ορθόδοξοι Αρβανίτες στο δελτίο ταυτότητάς τους, απομακρύνθηκαν από τα μειονοτικά ελληνικά σχολεία.
  • Τον Σεπτέμβριο του 1964 έκλεισαν τα ελληνικά σχολεία στην Ιμβρο και την Τένεδο και στη συνέχεια τέθηκε σε εφαρμογή σχέδιο τήξης – εξόντωσης το οποίο αποτελούνταν από σειρά διωγμών: απαλλοτρίωση των δύο κάμπων στην Ιμβρο για την αφαίρεση των οικονομικών πόρων των Ελλήνων, δημιουργία ανοικτής φυλακής βαρυποινιτών που βιαιοπραγούσαν κατά των κατοίκων, εποικισμός των νησιών με τη μεταφορά πληθυσμών από τις κουρδικές και τις ποντιακές επαρχίες και μετανάστες από τη Βουλγαρία. Υπήρξαν πολλές δολοφονίες κατοίκων.