Ομόφωνα αθώος κρίθηκε από το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων ο Απόστολος Βαβύλης για την υπόθεση των δραστηριοτήτων που είχε αναπτύξει την περίοδο της εκλογής του Ειρηναίου στον θρόνο του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων.
Το δικαστήριο με ανάλογη εισαγγελική πρόταση κήρυξε αθώο τον Απόστολο Βαβύλη για τις κατηγορίες της πλαστογραφίας και της ψευδορκίας, κλείνοντας με την απόφασή του θετικά και την τελευταία του δικαστική υπόθεση.
Ο Βαβύλης έχει απαλλαγεί με βουλεύματα για όλες τις υποθέσεις που είχαν απασχολήσει την κοινή γνώμη ,όταν είχε ξεσπάσει ο σάλος με τον «μοναχό Ραφαήλ» και τις δραστηριότητες του σε Ελλάδα, Ισραήλ και Ιταλία.
Ο ίδιος από την αρχή υποστήριζε ότι είναι αθώος και όπως ανέφερε και στην απολογία του, η επίθεση σε βάρος του στόχευε να πλήξει τον μακαριστό αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο.
