Οι αναδρομικές διεκδικήσεις των μισθολογικών διαφορών, επιδομάτων κτλ. των στρατοδικών δεν υπάγονται στο Μισθοδικείο, όπως όλων των άλλων δικαστικών και εισαγγελικών λειτουργών, αλλά στα Διοικητικά Δικαστήρια. Αυτό έκρινε σε διάσκεψη κεκλεισμένων των θυρών το Μισθοδικείο με ισχυρότατη πλειοψηφία 7 έναντι 2 και απέρριψε αιτήσεις δικαστών της Στρατιωτικής Δικαιοσύνης που διεκδικούσαν αναδρομικά διαφορές αποδοχών της τελευταίας πενταετίας. Ειδικότερα κρίθηκε ότι σύμφωνα με το άρθρο 96 του Συντάγματος οι δικαστές της Στρατιωτικής Δικαιοσύνης δεν μπορούν να υπαχθούν στη δικαιοδοσία του Μισθοδικείου.