ΤΟ ΖΗΤΗΜΑ της ένταξης της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ενωση αποτελεί ξεχωριστή περίπτωση εξαιτίας του ιδιαίτερου πολιτικού προβλήματος που αντιμετωπίζει το νησί. Η Κύπρος υπέβαλε αίτηση ένταξης στην ΕΕ στις 3 Ιουλίου 1990, σχεδόν τρία χρόνια μετά την υποβολή της αίτησης ένταξης της Τουρκίας (14 Απριλίου 1987) και ύστερα από αρκετούς δισταγμούς που είχαν εκφραστεί ήδη από την εποχή όπου η Αθήνα ασκούσε τη δεύτερη ελληνική προεδρία του Συμβουλίου των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (το 1988). Τότε η ελληνική κυβέρνηση είχε προσπαθήσει να πείσει την αντίστοιχη κυπριακή να υποβάλει αίτηση ένταξης αλλά χωρίς αποτέλεσμα.


Στις 30 Ιουνίου 1993, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή εξέδωσε τη γνωμοδότησή της η οποία επιβεβαίωσε τόσο την επιλεξιμότητα της Κύπρου για ένταξη στην Ενωση όσο και τον ευρωπαϊκό προσανατολισμό της. Ωστόσο, η Κύπρος (και η Μάλτα, η οποία επίσης υπέβαλε αίτηση ένταξης τον Ιούλιο του 1990) είδε χώρες που υπέβαλαν αίτηση ένταξης αργότερα να εντάσσονται ως πλήρη μέλη στην Ενωση ήδη από την 1η Ιανουαρίου 1995. Το πρόβλημα όμως στην περίπτωση της Κύπρου δεν σχετίζεται με την έλλειψη ή μη ευρωπαϊκού προσανατολισμού ούτε με την πλήρωση ή μη ορισμένων οικονομικών κριτηρίων. Αντίθετα, είναι άμεσα συνυφασμένο με το σημερινό «στάτους κβο» στο νησί, το οποίο τόσο το Συμβούλιο Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών όσο και η Ευρωπαϊκή Ενωση έχουν κατ’ επανάληψη κρίνει απαράδεκτο.


Η Επιτροπή, εξάλλου, δήλωνε μεταξύ άλλων στην προαναφερθείσα «γνώμη» της ότι «έχει την πεποίθηση ότι πρέπει να σταλεί θετικό μήνυμα στις αρχές και στον λαό της Κύπρου που να επιβεβαιώνει ότι η Κοινότητα θεωρεί την Κύπρο ικανή για την προσχώρηση και ότι, μόλις διασφαλισθούν περισσότερο οι προοπτικές για τη διευθέτηση, η Κοινότητα θα είναι έτοιμη να αναλάβει από κοινού με την Κύπρο τη διαδικασία που θα πρέπει τελικά να οδηγήσει στην εν λόγω προσχώρηση…». Σημειωτέον ότι το Συμβούλιο Ασφαλείας με την απόφασή του 939/94 επιβεβαίωσε ότι η διευθέτηση του Κυπριακού πρέπει να βασίζεται σε ένα κράτος της Κύπρου, με μία κυριαρχία και διεθνή προσωπικότητα, μία εθνικότητα και με εξασφαλισμένη την ανεξαρτησία και την εδαφική του ακεραιότητα.


Το πρόβλημα της ένταξης της Κύπρου στην Ενωση δεν συνδέεται όμως μόνο με το πολιτικό της πρόβλημα αλλά και με το γεγονός ότι η Κύπρος είναι πολύ μικρό κράτος, με αποτέλεσμα να τίθεται ζήτημα θεσμικού χαρακτήρα ως προς την ισότιμη συμμετοχή της στα ευρωπαϊκά πράγματα. Αρκετές ευρωπαϊκές χώρες βλέπουν με δυσπιστία τη δυσανάλογη με το μέγεθός της και τον πληθυσμό τής χώρας ισχύ που μπορεί να απολαμβάνει η Κύπρος εντός της Ενωσης. Η Κύπρος με τη Μάλτα, παρά το μέγεθός τους, θα είναι σε θέση να σχηματίζουν ή να ανατρέπουν ισορροπίες.


Ωστόσο, η Επιτροπή με τη «γνώμη» της είχε αναγγείλει την πρόθεσή της για έναρξη προενταξιακής διαδικασίας συνεργασίας με την Κύπρο. Εκτοτε τα βήματα που πραγματοποιήθηκαν ήταν σημαντικά. Στις 4 Οκτωβρίου 1993 το Συμβούλιο υιοθέτησε τη γνωμοδότηση («γνώμη») της Επιτροπής δίνοντας το πράσινο φως για την έναρξη ουσιαστικών συνομιλιών Ευρωπαϊκής Ενωσης – Κύπρου που θα βοηθούσαν στην προετοιμασία για τις ενταξιακές διαπραγματεύσεις. Οι συνομιλίες αυτές μεταξύ Επιτροπής και κυπριακής κυβέρνησης άρχισαν στις 25 Νοεμβρίου 1993. Καθοριστική ωστόσο στάθηκε η επιτυχία της ελληνικής κυβέρνησης να συμπεριληφθεί στα Συμπεράσματα του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου της Κέρκυρας, τον Ιούνιο του 1994, η δέσμευση ότι η επόμενη φάση της διεύρυνσης της Ευρωπαϊκής Ενωσης θα περιλαμβάνει και την Κύπρο.


Στις 6 Μαρτίου 1995, με αντάλλαγμα την ελληνική συγκατάθεση για την προώθηση του τελικού σταδίου της τελωνειακής ένωσης Ευρωπαϊκής Ενωσης – Τουρκίας, η Ενωση παραχώρησε την πολιτική δέσμευση για έναρξη των διαπραγματεύσεων ένταξης της Κύπρου έξι μήνες μετά το πέρας της Διακυβερνητικής Διάσκεψης για την αναθεώρηση της Συνθήκης του Μάαστριχτ. Η δέσμευση αυτή επιβεβαιώθηκε τόσο στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο των Καννών (Ιούνιος 1995) όσο και στα επόμενα Ευρωπαϊκά Συμβούλια. Η πολιτική αυτή δέσμευση σε συνδυασμό με την απόφαση του Ιουλίου 1995 να συμπεριληφθεί η Κύπρος (και η Μάλτα) στη διαδικασία «δομημένου διαλόγου» συμβάλλουν σε μεγάλο βαθμό στην ουσιαστική ένταξη της Κύπρου στο ευρωπαϊκό γίγνεσθαι και στην ενδυνάμωση της διαπραγματευτικής ισχύος τόσο της Κύπρου όσο και της Ελλάδας σε σχέση με τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι δύο χώρες με τη γειτονική Τουρκία. Ωστόσο απαιτείται η ταχύτερη δυνατή πλήρης ένταξη της Κύπρου στο θεσμικό πλαίσιο της Ενωσης έτσι ώστε μέσω αυτής να οδηγηθούμε σε μια ρεαλιστική λύση του κυπριακού προβλήματος.