Ο ΜΑΪΚΛ ΤΖΟΡΝΤΑΝ επέστρεψε στα γήπεδα του ΝΒΑ τον Οκτώβριο του 2001 για τρίτη φορά και επέλεξε να πατήσει ξανά το παρκέ, μια και η δεύτερη αλλά και η πρώτη ήταν απόλυτα επιτυχημένες, αφού είχαν προσθέσει και άλλους τίτλους στην πλούσια συλλογή του. Ο Μάικλ Τζόρνταν αποχώρησε για πρώτη φορά, τον Οκτώβριο του ’93, έχοντας κατακτήσει τρεις τίτλους με τους Σικάγο Μπουλς. Η συναισθηματική του φόρτιση τότε ήταν έντονη, αφού είχε προηγηθεί η δολοφονία του πατέρα του. Προσπάθησε να παίξει μπέιζμπολ, στους Σικάγο Γουάιτ Σοξ, αλλά ένιωσε ένα από τα μεγαλύτερα πλήγματα στη ζωή του όταν γύρισε ένα απόγευμα στο σπίτι του και είδε τον μεγάλο γιο του, τον Τζέφρι, να παίζει μπάσκετ με τους φίλους του. Ο μικρός υποδυόταν τον Σακίλ Ο’Νιλ και ο Μάικλ ζήτησε τον λόγο της επιλογής του γιου του. Αυτός του αποκρίθηκε ότι είναι ο καλύτερος παίκτης του ΝΒΑ. Η απάντηση του Τζέφρι έδωσε στον Τζόρνταν να καταλάβει ότι έπρεπε να επιστρέψει στο μπάσκετ.
Τον Μάρτιο του ’95 φόρεσε εκ νέου τα παπούτσια του και κατέκτησε άλλους τρεις τίτλους με τους Σικάγο Μπουλς, προτού αποσυρθεί τον Ιανουάριο του 1999, λίγες ημέρες προτού αρχίσει η πιο ταλαιπωρημένη λόγω του λοκ άουτ περίοδος του ΝΒΑ. Τελευταίο ματς ήταν στο Σολτ Λέικ Σίτι, στον έκτο τελικό με τη Γιούτα, στις 14 Ιουνίου 1998. Ο Τζόρνταν σκόραρε στα τελευταία δευτερόλεπτα και ο Μπρίον Ράσελ, που είχε αναλάβει το μαρκάρισμά του, δεν θα ξεχάσει ποτέ αυτό το σουτ. Ολοι πίστευαν ότι είχαν δει το τέλος του Τζόρνταν στο ΝΒΑ, αλλά ο ίδιος φρόντισε για μία ακόμη φορά να τους διαψεύσει. Στην αρχή επέλεξε να δοκιμάσει για ενάμιση χρόνο την καρέκλα του προέδρου μιας ομάδας (των Ουάσιγκτον Ουίζαρντς) και στη συνέχεια, αφού του έλειψε η μυρωδιά των αποδυτηρίων, όπως είπε, ανακοίνωσε την επιστροφή του στους Ουάσιγκτον Ουίζαρντς. Κάποιοι υποστήριξαν ότι στην πλάτη του παίχτηκε παιχνίδι δισεκατομμυρίων δολαρίων αλλά ο Τζόρνταν ενδιαφερόταν απλά να χαρίσει μαγικές βραδιές χορού στο παρκέ.
Το περιοδικό «Fortune», το 1998, τον αποτιμούσε γύρω στα 10 δισ. δολάρια, ενώ το μεγαλύτερο κεφάλαιο στην οικονομική πλευρά του Τζόρνταν είναι η σχέση του με τη Nike. Την περίοδο της συνεργασίας του έβγαλε στην κυκλοφορία 14 μοντέλα παπουτσιών «Air Jordan».
Σε όλη την καριέρα του στο ΝΒΑ ο Μάικλ Τζόρνταν φόρεσε δύο διαφορετικά νούμερα στη φανέλα του. Το θρυλικό «23», το «45» για τρεις μήνες μετά την επιστροφή του από το μπέιζμπολ και με τους Ουίζαρντς επέλεξε εκ νέου το πρώτο νούμερο, που είναι και το αγαπημένο του. Ενας από τους μεγαλύτερους αντιπάλους του, ο Λάρι Μπερντ θα παραδεχθεί δημοσίως ότι «ο Τζόρνταν είναι ο Θεός μεταμφιεσμένος σε παίκτη του μπάσκετ», ενώ ο Τζον Πάξον θα ξεκαθαρίσει ποιος είναι ο καλύτερος που πάτησε ποτέ το παρκέ του μπάσκετ: «Ο Μάτζικ Τζόνσον είναι ο καλύτερος παίκτης που αγωνίστηκε πάνω στη γη, αλλά ο Μάικλ Τζόρνταν είναι ο καλύτερος παίκτης που αγωνίστηκε στον αέρα».
