O φάκελος της απαγωγής των Πακιστανών από τους πράκτορες της ΕΥΠ τον Ιούλιο του 2005, υπόθεση στην οποία είχε άμεση εμπλοκή ο τότε υπουργός Δημόσιας Τάξης κ. Γ. Βουλγαράκης, κρατείται ερμητικά κλειστός από τις δικαστικές αρχές. Εναν ακριβώς χρόνο μετά το δημοσίευμα του «Βήματος», το οποίο περιείχε την ομολογία πρώην πράκτορα της ΕΥΠ ότι συμμετείχε στην επιχείρηση αρπαγής των Πακιστανών και την υποβολή σχετικού αιτήματος εξέτασης μαρτύρων από την πλευρά των αλλοδαπών, ουδείς έχει κληθεί από τους δικαστικούς λειτουργούς να καταθέσει για την υπόθεση. Σύμφωνα με διασταυρωμένες πληροφορίες, ούτε ο αξιωματικός ο οποίος παραδέχθηκε την εμπλοκή του ούτε άλλος από τους αναφερόμενους, πρώην και νυν πράκτορες της ΕΥΠ, έχουν «ενοχληθεί» από τους δικαστικούς λειτουργούς. Ο φάκελος της υπόθεσης βρίσκεται στο 4ο ανακριτικό γραφείο της Εισαγγελίας Αθηνών και οι δικαστικοί λειτουργοί δεν προχωρούν σε καμία ουσιαστική κίνηση, επικαλούμενοι φόρτο δικαστικού έργου.

Σύμφωνα με τις αρχικές καταγγελίες αλλοδαπών αλλά και αναφορές σε ξένα ΜΜΕ, τον Ιούλιο του 2005, λίγες ημέρες μετά την πολύνεκρη τρομοκρατική επίθεση στο μετρό του Λονδίνου, οι ελληνικές αρχές προχώρησαν σε πολυήμερη «απαγωγή» και ανάκριση 13 Πακιστανών οι οποίοι διαμένουν στην Ελλάδα, με την υπόνοια ότι σχετίζονταν με το δίκτυο των καμικάζι της Αλ Κάιντα στο Λονδίνο. Κυβερνητικά στελέχη, αλλά και αξιωματούχοι του υπουργείου Δημόσιας Τάξης και της ΕΥΠ διέψευδαν επανειλημμένως τη συγκεκριμένη επιχείρηση τόσο σε δηλώσεις τους στα ΜΜΕ όσο και στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας στη Βουλή. Μάλιστα, σε συνέντευξή του το φθινόπωρο του 2005, ο τότε υπουργός Δημόσιας Τάξης κ. Γ. Βουλγαράκης είχε αναρωτηθεί αν επρόκειτο «για φάρσα ή προβοκάτσια» .

Ακολούθησαν δηλώσεις υψηλόβαθμων στελεχών της κυβέρνησης, αλλά και διαβεβαιώσεις του ίδιου του πρωθυπουργού κ. Κ.Καραμανλή προς τον τότε πρόεδρο του Συνασπισμού κ. Αλ.Αλαβάνο ότι «δεν υπάρχει θέμα απαγωγής». Επιπλέον, ο επόμενος υπουργός Δημόσιας Τάξης κ. Β.Πολύδωρας δήλωσε το 2006 ότι αν επιβεβαιωνόταν ότι πράκτορες της ΕΥΠ συμμετείχαν σε απαγωγή Πακιστανών θα υπέβαλλε την παραίτησή του, ενώ μίλησε για «το σπορ της αμοιβαίας απαγωγής στο οποίο επιδίδονται οι Πακιστανοί». Για την υπόθεση διατάχθηκε δικαστική έρευνα και τους τελευταίους μήνες ο φάκελος έχει ανατεθεί στο 4ο ανακριτικό γραφείο της Αθήνας.

Σε συνέντευξη του προς «Το Βήμα» στις 13 Σεπτεμβρίου 2007 ένας 49χρονος πρώην πράκτορας της Γ΄ Διεύθυνσης Αντικατασκοπίας της ΕΥΠ ομολογούσε ότι είχε συμμετάσχει, μαζί με άλλους συναδέλφους του από την ίδια υπηρεσία, στην αρπαγή και ανάκριση Πακιστανών σε κτίριο της ΕΥΠ στην Αγία Παρασκευή. Ο πράκτορας της ΕΥΠ μίλησε αναλυτικά για τον τρόπο απαγωγής των Πακιστανών, για τις διαδικασίες φωτογράφισής τους από έναν ιδιώτη φωτογράφο ο οποίος συνεργάζεται με την ΕΥΠ, αλλά και για τους λόγους «αποτυχίας» της ανάκρισης. Με βάση το δημοσίευμα του «Βήματος» ο νομικός εκπρόσωπος των Πακιστανών κ. Φρ.Ραγκούσης υπέβαλε στις 2 Οκτωβρίου 2007 αίτημα στο 4ο ανακριτικό γραφείο της Εισαγγελίας Αθηνών για κλήση των συγκεκριμένων μαρτύρων, πολλοί από τους οποίους είναι διατεθειμένοι να μιλήσουν για το παρασκήνιο της επιχείρησης. Ωστόσο η δικαστική έρευνα εξακολουθεί να παραμένει απολύτως αδρανής. Παρά τη σοβαρότητα της υπόθεσης και τον φόβο επηρεασμού βασικών μαρτύρων, ο φάκελος φυλάσσεται… ερμητικά κλειστός στα συρτάρια των δικαστικών λειτουργών και οι μάρτυρες-«κλειδιά» δεν καλούνται να καταθέσουν. Οπως αναφέρουν νομικοί «είναι απίστευτο και δεν μπορεί να δοθεί καμία νομική εξήγηση γιατίεπί τόσο μεγάλο χρονικό διάστημαδεν καλούνται να καταθέσουν βασικοί μάρτυρες σε μια υπόθεση η οποία έχει απασχολήσει κατ΄ επανάληψη την κοινή γνώμη. Και αυτό ενώ ήδη έχουν υπάρξει καταγγελίες από όλα σχεδόν τα κόμματα της αντιπολίτευσης για προσπάθεια συγκάλυψης της υπόθεσης απαγωγής των Πακιστανών».