Σε κοινά προγράμματα Ελληνοτουρκικών Σπουδών θα συνεργαστούν από τον ερχόμενο Σεπτέμβριο και ως το 2010 το Ιδρυμα Κόκκαλη και το Πανεπιστήμιο Μπιλτζί της Κωνσταντινούπολης (Ιstanbul Βilgi University). Η συμφωνία προβλέπει το Ιδρυμα Κόκκαλη να υποστηρίξει τις Ελληνοτουρκικές Σπουδές του Πανεπιστημίου Μπιλτζί της Κωνσταντινούπολης, παρέχοντας υποτροφίες για μεταπτυχιακούς φοιτητές από την Ελλάδα που σπουδάζουν Διεθνείς Σχέσεις με ειδίκευση στις Ελληνοτουρκικές Σχέσεις στο πανεπιστήμιο. Οπως επισημαίνεται από εκπροσώπους των δύο ιδρυμάτων το πρόγραμμα έχει στόχο να χρησιμεύσει σαν μια γέφυρα φιλίας μεταξύ των δύο χωρών. Τα δύο ιδρύματα συμφώνησαν επίσης να εκμεταλλευθούν όλες τις δυνατότητες συνεργασίας που μπορούν να υπάρξουν μεταξύ τους διοργανώνοντας σεμινάρια, συνέδρια, συμπόσια και άλλες εκδηλώσεις, όπως και αναπτύσσοντας ερευνητικές δραστηριότητες σε θέματα κοινού ενδιαφέροντος.

Οι Ελληνοτουρκικές Σπουδές ιδρύθηκαν το 2005 υπό την αιγίδα του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου του Πανεπιστημίου Μπιλτζί της Κωνσταντινούπολης ως κατεύθυνση διδασκαλίας και έρευνας, με στόχο την ενίσχυση της συνεργασίας των ακαδημαϊκών κοινοτήτων των δύο χωρών και τη συνεισφορά στην προσπάθεια βελτίωσης των διμερών σχέσεων.

Εκτός από το Ιδρυμα Κόκκαλη, το πανεπιστήμιο έχει ήδη αναπτύξει συνεργασία με το Ελληνικό Ιδρυμα Ευρωπαϊκής και Εξωτερικής Πολιτικής (ΕΛΙΑΜΕΠ), η οποία περιλαμβάνει την προσέλκυση φοιτητών και βοηθών καθηγητών και τη διοργάνωση κοινών εκδηλώσεων στην Ελλάδα. Επίσης, έχει συνεργασίες και με πανεπιστήμια της Αγγλίας και της Κύπρου.