Η Αλ Κάιντα στην Αραβική χερσόνησο εξελίχθηκε γρήγορα σε ένα ισχυρό και φιλόδοξο περιφερειακό τρομοκρατικό δίκτυο, εν μέρει εξαιτίας μιας αποδυναμωμένης, φτωχής και αποσυντονισμένης υεμενικής κυβέρνησης. Ενώ η Υεμένη είχε εστιάσει την προσοχή της στην πάταξη δύο εγχώριων εξεγέρσεων, το παρακλάδι της Αλ Κάιντα στη χώρα προχώρησε σε διασυνοριακές συναλλαγές και εξαπέλυσε πιο αποτελεσματικές επιθέσεις, με μια ηγεσία η οποία ενισχύθηκε από κρατουμένους που απελευθερώθηκαν από το Γκουαντάναμο ή από μαχητές που επέστρεψαν από το Ιράκ. Η Αλ Κάιντα άκμασε στις μεγάλες και εξαθλιωμένες φυλετικές περιοχές της Υεμένης, στήνοντας στρατόπεδα εκπαίδευσης και εξαπολύοντας επιθέσεις κατά δυτικών στόχων, κερδίζοντας παράλληλα τη συμπάθεια των κατοίκων της χώρας. Η ενίσχυση της θέσης τής Αλ Κάιντα στην Υεμένη κατέστη εμφανής όταν ο 23χρονος Νιγηριανός Ουμάρ Φαρούκ Αμπντουλμουταλάμπ κατάφερε να παραμείνει στη χώρα ενώ είχε λήξει η βίζα του, να δικτυωθεί με μαχητές της Αλ Κάιντα, να αναχωρήσει με μια βόμβα κρυμμένη στο εσώρουχό του και να προσπαθήσει να ανατινάξει ένα αεροσκάφος που πετούσε από το Αμστερνταμ στο Ντιτρόιτ. Οι Ηνωμένες Πολιτείες και άλλες χώρες έκλεισαν τις πρεσβείες τους στην Υεμένη, επικαλούμενες λόγους ασφαλείας, έπειτα από απειλές που δέχθηκαν από το παρακλάδι τής Αλ Κάιντα στην Αραβική χερσόνησο. Το κλείσιμο της αμερικανικής πρεσβείας συντελέστηκε μία ημέρα μετά την επίσκεψη του αμερικανού στρατηγού Ντέιβιντ Πετρέους στον πρόεδρο της Υεμένης, ανακοινώνοντάς του την πρόθεση του Μπαράκ Ομπάμα να υποστηρίξει τις αντιτρομοκρατικές προσπάθειες της χώρας.

Ο πυρήνας της οργάνωσης στην Υεμένη ακόμη πιστεύεται ότι είναι μικρός, καθώς δεν απαρτίζεται από περισσότερους από 200 ανθρώπους. Ωστόσο απολαμβάνει το πλεονέκτημα τού να αποτελεί μέρος μιας περιφερειακής δομής, έχοντας καταφέρει να ενωθεί με το παρακλάδι της Αλ Κάιντα στη Σαουδική Αραβία και να σχηματίσει την Αλ Κάιντα της Αραβικής χερσονήσου. Αν και η Υεμένη διαδραμάτισε κάποιο ρόλο στην πρώιμη ιστορία της Αλ Κάιντα, τα κυριότερα κεφάλαια της εξέλιξης της οργάνωσης στη χώρα γράφτηκαν προσφάτως από ηγέτες που απελευθερώθηκαν από τις αμερικανικές φυλακές στο Γκουαντάναμο, απέδρασαν από φυλακές της Υεμένης ή απλώς βρήκαν καταφύγιο στη χώρα. Αυτοί οι άνδρες κατάφεραν να μεταμορφώσουν και να επανακαθορίσουν ένα αποδυναμωμένο παρακλάδι της Αλ Κάιντα, που είχε συνάψει ένα είδος ειρήνης με την κυβέρνηση μετά το 2003. Πριν από περίπου έναν χρόνο, όταν η οργάνωση της Σαουδικής Αραβίας ενώθηκε με της Υεμένης, η Αλ Κάιντα εκμεταλλεύτηκε το γεγονός ότι η κυβέρνηση είχε απορροφηθεί στις προσπάθειες καταπολέμησης των εξεγέρσεων και ενίσχυσε τη δύναμή της στις φυλετικές περιοχές της χώρας. Τον Φεβρουάριο του 2006, 23 άνδρες, ύποπτοι για συμμετοχή στην Αλ Κάιντα, απέδρασαν από μια φυλακή υψίστης ασφαλείας, μάλλον με τη βοήθεια μερικών μελών των δυνάμεων ασφαλείας της Υεμένης. Ολοι, εκτός από τρεις με τέσσερις άνδρες, συνελήφθησαν ή σκοτώθηκαν από τις δυνάμεις ασφαλείας. Αλλά ένας κρατούμενος, ο Νασέρ αλ Γουχαΐσι , έγινε αρχηγός της Αλ Κάιντα στην Υεμένη, καταφέρνοντας να την επαναδιοργανώσει και να προχωρήσει σε επιθέσεις κατά παρακείμενων δυτικών στόχων. Ενας άλλος κρατούμενος, ο Κασίμ αλ Ραΐμι, έγινε ο στρατιωτικός διοικητής.

Τον επόμενο χρόνο ο κ. Γουχαΐσι ένωσε τις δυνάμεις του με τον 36χρονο Σαΐντ Αλί αλ Σίχρι, από τη Σαουδική Αραβία, ο οποίος απελευθερώθηκε από το Γκουαντάναμο όπου εκρατείτο επί έξι χρόνια, τον Δεκέμβριο του 2007. Ενας άλλος κρατούμενος του Γκουαντάναμο, που συνελήφθη στο Πακιστάν το 2001, είναι ο Ιμπραήμ Σουλεϊμάν αλ Ρουμπάις, ο οποίος σήμερα πιστεύεται ότι διατηρεί τον ρόλο του μουφτή, ή πνευματικού καθοδηγητή, της Αλ Κάιντα στην Υεμένη. Ο Ανβάρ αλ Αουλάκι, ένας ιμάμης της Αλ Κάιντα που γεννήθηκε στις Ηνωμένες Πολιτείες, επέστρεψε στην Υεμένη, όπου διαμένει η οικογένειά του, το 2004. Το 2006 συνελήφθη και έπειτα από 18 μήνες φυλάκισης απελευθερώθηκε τον Δεκέμβριο του 2007. Επειτα μετέβη στη Βρετανία, πριν επιστρέψει την περασμένη άνοιξη και πάλι στην Υεμένη. Ο κ. Αουλάκι δεν διατηρεί επιτελικό ρόλο στην Αλ Κάιντα. Ωστόσο, αξιωματούχοι των Ηνωμένων Πολιτειών και της Υεμένης πιστεύουν ότι λειτούργησε ως σύνδεσμος για τον κ. Αμπντουλμουταλάμπ, βοηθώντας τον να υλοποιήσει την απόπειρα ανατίναξης του αεροσκάφους. Τα τελευταία χρόνια η Αλ Κάιντα έχει στη διάθεσή της μια τεράστια δεξαμενή από την οποία αντλεί μέλη. Ο Μάγκνους Ράνστορπ, ειδικός σε θέματα τρομοκρατίας στο Κολέγιο Εθνικής Αμυνας της Σουηδίας, είπε ότι οι περίπου 2.000 πολίτες της Υεμένης που πολέμησαν στο πλευρό των ανταρτών στο Ιράκ επέστρεψαν στη χώρα τους προκειμένου να συνεχίσουν τη δράση τους εκεί. Επιπλέον, πολλοί μετανάστες από την Υεμένη που αναζήτησαν δουλειά στη Σαουδική Αραβίαόπως ο πατέρας του Οσάμα μπιν Λάντεναπέκτησαν παιδιά που γαλουχήθηκαν με το ριζοσπαστικό Ισλάμ της Σαουδικής Αραβίας και έπειτα επέστρεψαν στην Υεμένη. Τέλος, η Υεμένη δέχθηκε περισσότερους από 200.000 πρόσφυγες από τη Σομαλία, μια χώρα όπου η δράση της Αλ Κάιντα είναι έντονη. Και τώρα που η χώρα αποδείχθηκε ασφαλής για την οργάνωση, οι δεσμοί μεταξύ των σομαλικών και υεμενικών τρομοκρατικών δυνάμεων ενισχύθηκαν. «Το πρόβλημα της Σομαλίας συνδέεται με εκείνο της Υεμένης» σημείωσε ο κ. Ράνστροπ. Η ενίσχυση της Αλ Κάιντα στην Υεμένη συνέπεσε με τις προσπάθειες του 67χρονου προέδρου της χώρας Αλί Αμπντάλα Σάλεχ να καταπνίξει την εξέγερση των ανταρτών Χούθι στον βορρά και με ένα αυτονομιστικό κίνημα στον νότο, το οποίο αν και ειρηνικό αποτελεί απειλή για την εξουσία του. «Η πρώτη προτεραιότητα του Σάλεχ είναι να παραμείνει στην εξουσία», είπε ο Αμπντάλα αλ Φακίχ, πολιτικός επιστήμονας στο Πανεπιστήμιο της Σαναά. «Η δεύτερη είναι ο πόλεμος στον βορρά και η τρίτη ο νότος. Η Αλ Κάιντα σπάνια τον απασχολεί» προσέθεσε. Συνεπώς, η κατάσταση που επικρατεί στην Υεμένη είναι παρόμοια με εκείνη στο Πακιστάν, με την ηγεσία της Αλ Κάιντα να έχει βρει καταφύγιο στις απομακρυσμένες φυλετικές περιοχές της χώρας και την κυβέρνηση να είναι απασχολημένη με την Ινδία και το Κασμίρ. Οπως και στο Πακιστάν, η ανάμειξη των Ηνωμένων Πολιτειών στην Υεμένη πρέπει να γίνεται με προσοχή και να είναι συμβουλευτική. Εκτός από την οικονομική ενίσχυση, οι Ηνωμένες Πολιτείες έστειλαν στην Υεμένη μονάδες των Ειδικών Δυνάμεων για να βοηθήσουν στην εκπαίδευση και στον εξοπλισμό των δυνάμεων ασφαλείας της χώρας. Η Υεμένη, η πιο φτωχή χώρα του αραβικού κόσμου, αντιμετωπίζει μεγάλο πρόβλημα με τη διαφθορά, ενώ ο πληθυσμός της δεν έχει επαρκή πρόσβαση σε πόσιμο νερό. Το 70% του ακαθάριστου εθνικού προϊόντος της προέρχεται από το πετρέλαιο, τα αποθέματα του οποίου αναμένεται να στερέψουν σε επτά χρόνια. Ο κ. Φακίχ προειδοποίησε ότι ο πρόεδρος της Υεμένης πρέπει να κατευνάσει τις εξεγέρσεις χρησιμοποιώντας πολιτικά μέσα, αλλιώς κινδυνεύει να «χαρίσει» στην Αλ Κάιντα ακόμη περισσότερα μέλη. «Μπορεί να συμβεί» σχολίασε ο κ. Φακίχ. «Ο εχθρός του εχθρού μου είναι φίλος μου και μπορεί να γίνει η Κανταχάρ της Υεμένης».