Ο ανανεωμένος κήπος στο αίθριο του μουσείου αποτελεί μια ανάσα δροσιάς στο κέντρο της Αθήνας. Σχεδιάστηκε με φυτά που συνδέονται με τις δοξασίες της αρχαιότητας οπότε οι επισκέπτες μπορούν να κάνουν τους δικούς τους συνειρμούς και να διευρύνουν τη μουσειακή εμπειρία με ζωντανά παραδείγματα του μύθου και της φύσης. Η ανανέωση του κήπου έγινε με αφορμή τα 150 χρόνια από τη θεμελίωση του μουσείου και σε συνεργασία με την εταιρία αρχιτεκτονικής τοπίου Ecoscapes.