Αίσθηση έχει προκαλέσει στους ορθοδόξους ιεράρχες η επιμονή του Αρχιεπισκόπου κ. Ιερωνύμου να μην συμμετάσχει ο ίδιος, αλλά μητροπολίτες ως εκπρόσωποι της Εκκλησίας της Ελλάδος στην Σύναξη των Ορθοδόξων Προκαθημένων που θα συγκληθεί στις 21 Ιανουαρίου στη Γενεύη.
Η κίνηση του Αρχιεπισκόπου εντυπωσιάζει καθώς είναι η πρώτη φορά που ο Προκαθήμενος της Εκκλησίας της Ελλάδος θα απουσιάζει από μία Σύναξη των Ορθοδόξων Προκαθημένων, γεγονός που δείχνει ότι οι σχέσεις των δύο πνευματικών ηγετών, δηλαδή του κ. Ιερωνύμου και του Οικουμενικού Πατριάρχη κ. Βαρθολομαίου, είναι οριακές.
Τον Μάιο του 1992, εφτά μήνες μόλις μετά την εκλογή του, ο κ. Βαρθολομαίος συγκαλεί για πρώτη φορά Σύναξη Ορθοδόξων Προκαθημένων σε μια προσπάθεια να μεταφέρει ένα μήνυμα ενότητας, αφού επί αιώνες παρέμενε αδύνατη η πραγματοποίηση της Αγίας και Ιεράς Συνόδου – η πρώτη μετά το Σχίσμα των Εκκλησιών το 1054 – και με τη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία να έχει διοργανώσει τις δύο Βατικάνειες Συνόδους που επέλυσαν καίρια ζητήματα.
Εκτοτε πέρασαν 23 ολόκληρα χρόνια και πραγματοποιήθηκαν εφτά Συνάξεις Προκαθημένων και από καμία δεν απουσίαζε ο εκάστοτε Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος.
Οι μακαριστοί Αρχιεπίσκοποι Σεραφείμ και Χριστόδουλος, αλλά και ο ίδιος ο κ. Ιερώνυμος, παρά τις κατά καιρούς δυσκολίες βρισκόταν εκεί και έδειχναν αφενός ότι η Εκκλησία της Ελλάδος είναι παρούσα, αφετέρου στήριζαν τον Οικουμενικό Πατριάρχη.
Συνάξεις των Ορθοδόξων Προκαθημένων που πραγματοποιήθηκαν από το 1991 έως σήμερα:

Μάρτιος 1992: Στην Κωνσταντινούπολη με την συμμετοχή του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ.

Σεπτέμβριος 1995: Στην Πάτμο με αφορμή την συμπλήρωση 1900 ετών από την συγγραφή της Αποκάλυψης του Ιωάννου με την συμμετοχή του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ.
Ιανουάριος 2000: Στα Ιεροσόλυμα με αφορμή την έναρξη των εορτασμών για την συμπλήρωση 2.000 χρόνων από την Γέννηση του Χριστού. Εκ μέρους της Εκκλησίας της Ελλάδος, συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
Δεκέμβριος 2000: Στην Νίκαια της Βιθυνίας και την Κωνσταντινούπολη για την ολοκλήρωση των εορτασμών 2000 χρόνων από την Γέννηση του Χριστού. Συμμετείχε ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
Μάιος 2005: Στην Κωνσταντινούπολη για τα προβλήματα του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων. Συμμετείχε ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
Μάρτιος 2008: Σύναξη στην Κωνσταντινούπολη. Συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος.
Μάρτιος 2014: Στην Κωνσταντινούπολη για την σύγκληση της Αγίας και Μεγάλης Συνόδου της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος.

«Δεν είναι προσωπικό το πρόβλημα»

«Θα μπορούσα να πω πολλά. Και να κάνω διαρκώς δηλώσεις. Ο κόσμος έχει πολλά προβλήματα δεν αντέχει να βλέπει κι εμάς να τσακωνόμαστε. Όμως πρέπει να υπολογίζουν την Εκκλησία της Ελλάδος» είπε ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος απευθυνόμενος στους μητροπολίτες –μέλη της Ιεράς Συνόδου και επιμένοντας στην άποψη του ότι στην Σύναξη της Γενεύης δεν θα πρέπει να συμμετάσχει ο ίδιος.
Παρά τις πιέσεις, ακόμη και τις πολιτικές παρεμβάσεις, ο Αρχιεπίσκοπος παραμένει σταθερός στην άποψη του, καθώς, όπως υποστηρίζουν στενοί του συνεργάτες, τα τελευταία τρία χρόνια έχουν γίνει ενέργειες και πράξεις από την πλευρά του Φαναρίου που χαρακτηρίζονται «εχθρικές».
Ανάμεσα σε αυτές η λειτουργία του Γραφείου Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα και κυρίως, όπως υποστηρίζουν, η στάση και η συμπεριφορά του επικεφαλής Μητροπολίτη Αδριανουπόλεως κ. Αμφιλοχίου. Στενός συνεργάτης του Οικουμενικού Πατριάρχη και άλλοτε εξ απορρήτων του Αρχιεπισκόπου κ. Ιερωνύμου, ο κ. Αμφιλόχιος φέρεται να επιδιώκει την αναβάθμιση του Γραφείου σε «πρεσβεία» και να διεκδικεί την λειτουργία Ναού του Πατριαρχείου στην Αθήνα.
Ο Μητροπολίτης Αδριανουπόλεως χαρακτηρίζεται απ’ όλους ως δραστήριος ιεράρχης, ο οποίος σε συνεργασία με τον προκάτοχο του Μητροπολίτη Περγάμου κ. Ιωάννη προσπαθούν να προωθήσουν τις θέσεις του Οικουμενικού Πατριαρχείου, αλλά προκαλούν την μήνη των ελλαδιτών μητροπολιτών, οι οποίοι εκτιμούν ότι επιχειρούν την αποδυνάμωση της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Το δεύτερο ζήτημα που δεν δείχνει να ξεπερνά η Ιερά Σύνοδος είναι η πρόσκληση που απηύθυνε ο Οικουμενικός Πατριάρχης στους μητροπολίτες των λεγομένων νέων χωρών – περιοχές της χώρας που απελευθερώθηκαν μετά το 1912 και πνευματικά υπάγονται στο Φανάρι αλλά η διοίκηση τους επιτροπικώς παραχωρήθηκε με ειδικό Τόμο το 1928 στην Εκκλησία της Ελλάδος – για την συμμετοχή τους στην Σύναξη της Συνόδου της Ιεραρχίας του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Τα δύο αυτά προβλήματα που προβάλουν ιεράρχες φαίνεται ότι κρύβουν πολλά περισσότερα ζητήματα, ενώ πληροφορίες θέλουν τον Αρχιεπίσκοπο να έχει αποστείλει σχετικές επιστολές «διαμαρτυρίας» στο Φανάρι και να μην έχει λάβει απαντήσεις.
Η μη συμμετοχή του κ. Ιερωνύμου στην Γενεύη χαρακτηρίζεται μείζονος σημασίας πράξη και ήδη προκαλεί κραδασμούς, καθώς τέτοιου είδους ενέργειες είχαμε κατά το παρελθόν από το Πατριαρχείο Μόσχας.