Το ιδιοκτησιακό «γαϊτανάκι» της Μονής Μεγίστης Λαύρας στη Σκύρο ξεκινά από το 1847, όταν ο οικονομικός έφορος και ο έπαρχος του νησιού υπέγραψαν πρωτόκολλο παραχώρησης ενός βουνού το οποίο ήταν «κείμενο εις θέσιν Φανόφτιας και Κοχυλού κατά προς το ανατολικό μέρος της Νήσου διά βοσκήν αιγοπροβάτων». Στο ίδιο πρωτόκολλο παραχωρήθηκε και «έν χωράφιον εκ στρεμμάτων ακαλλιεργήτων τεσσαράκοντα κείμενον εις θέσιν “Αρη” και πλησιάζον προς ανατολάς, άρκτον και μεσημβρίαν και δυσμάς τα βουνά».
Σύμφωνα με τον Εισαγγελέα του Αρείου Πάγου, «ουδέποτε μέχρι το έτος 1983 είχε προσδιορισθεί η επιφάνεια που φέρεται να περιήλθε στη Μονή υπό την ονομασία “Βουνό” το έτος 1847». Το 1983 το μοναστήρι εμφανίστηκε να μισθώνει με ιδιωτικά συμφωνητικά έναν βοσκότοπο 20.000 στρεμμάτων και άλλον έναν 18.000. Το 1993 οι τότε υπουργοί Οικονομίας και Αμυνας κκ. Στ.Μάνος και Ι.Βαρβιτσιώτης υπέγραψαν απόφαση για αναγκαστική απαλλοτρίωση για λόγους κοινής ωφελείας και κάλυψης στρατιωτικών αναγκών 1.935 στρεμμάτων που βρίσκονται σε εκτάσεις, ιδιοκτήτης των οποίων φέρεται να είναι η Μονή. Την ίδια χρονιά το Μονομελές Πρωτοδικείο Χαλκίδας καθόρισε προσωρινή τιμή αποζημίωσης στα 4,2 εκατ. δρχ. ανά στρέμμα για την πρώτη έκταση και στα 1,3 εκατ. δρχ. για τη δεύτερη. Ετσι, το Δημόσιο κατέβαλε στη μονή συνολικά περισσότερα από 7,5 δισ. δρχ. για την απαλλοτρίωση. Το 2000 το Εφετείο Αθηνών επεκύρωσε τις τιμές στα ίδια περίπου επίπεδα.
Το ύψος των τιμών ανάγκασε το Δημόσιο να ανακαλέσει και να επανακηρύξει τις περί απαλλοτριώσεων αποφάσεις και αρχικά το Πρωτοδικείο Χαλκίδας και στη συνέχεια το Εφετείο Αθηνών μείωσαν τα ποσά από το 1/5 ως το 1/2 των αρχικών αποφάσεων, επτά χρόνια μετά την πρώτη απαλλοτρίωση.
Ε ίχε μεσολαβήσει όμως η απόφαση 434/1999 του Πολυμελούς Πρωτοδικείου Χαλκίδας με το οποίο η Μονή Μεγίστης Λαύρας αναγνωρίστηκε ως κυρία έκτασης 37.000 στρεμμάτων στο νησί, στη βάση ότι περιήλθε σε αυτήν από τον 10ο μ.Χ. αιώνα εκ δωρεάς του αυτοκράτορα Νικηφόρου Φωκά, «την οποία έκτοτε, τουλάχιστον όμως από το έτος 1832, ενέμεντο συνεχώς,με τα προσόντα της έκτακτης χρησικτησίας». Το Δημόσιο άσκησε έφεση, όμως το Εφετείο Αθηνών την απέρριψε, ενώ το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους «πάγωσε» κάθε δεύτερη σκέψη επαναδιεκδίκησης εκ μέρους του κράτους. Ο δήμαρχος Σκύρου κ. Μ. Χατζηγιαννάκης κάνει λόγο, μιλώντας προς «Το Βήμα», για «υποτιθέμενη κυριότητα εκ μέρους της μονής» και συμπληρώνει ότι έχει εξουσιοδοτηθεί από το Δημοτικό Συμβούλιο να ερευνήσει και άλλο την υπόθεση.
Δικηγόρος της μονής για τα θέματα της Σκύρου ήταν στο επίμαχο διάστημα ο νυν βουλευτής Ευβοίας του ΠαΣοΚ κ. Γ.Παπαγεωργίου. Ο ίδιος σημειώνει ότι στις 8 Δεκεμβρίου 2008 κατέθεσε έγγραφη αναφορά στον κ. Σανιδά για να διερευνηθεί η υπόθεση, καθώς ο διορισμός του στην Εξεταστική Επιτροπή για το σκάνδαλο της Μονής Βατοπαιδίου είχε επαναφέρει και την υπόθεση της Μεγίστης Λαύρας στο προσκήνιο. Ο κ. Παπαγεωργίου σημειώνει ότι η παραγγελία Σανιδά «βρίθει ανακριβειών» και ότι «κανείς δεν εξαπάτησε κανέναν», καθότι «από σωρεία εγγράφων- πολλά εκ των οποίων από την εποχή της Τουρκοκρατίας- τα όρια των εκτάσεων περιγράφονται ξεκάθαρα». Ακόμη επισημαίνει ότι ο κ. Σανιδάς έχει αποκρύψει στοιχεία, ενώ αναφέρει πως από τα 1.695 στρέμματα της απαλλοτρίωσης, τελικώς απαλλοτριώθηκαν τα 845 και η μονή εισέπραξε όχι 7,5 δισ. αλλά 3,5 δισ. δρχ.
