Η στρατιωτική ηγεσία του Πακιστάν επιμένει ότι το πυρηνικό οπλοστάσιο της χώρας είναι ασφαλώς προστατευμένο και απορρίπτει τους ισχυρισμούς ότι βρίσκεται σε μυστικές διαπραγματεύσεις με τις Ηνωμένες Πολιτείες για να επιτρέψει σε ομάδες αμερικανών ειδικών να προσφέρουν επιπλέον ασφάλεια σε ενδεχόμενο κρίσης. Σε μια σπάνια δημόσια ανακοίνωση ο επικεφαλής του πακιστανικού στρατού, στρατηγός Ταρίκ Μαζίντ, δήλωσε ότι οι ισχυρισμοί πως εξετάζεται το ενδεχόμενο συμφωνίας για την ασφάλεια του πυρηνικού οπλοστασίου της χώρας είναι «παράλογοι και απλά κακόβουλοι». «Δεν υπάρχει κανένα απολύτως ενδεχόμενο να επιτρέψουμε σε κανέναν ξένο φορέα ή κράτος πρόσβαση σε ευαίσθητες πληροφορίες για το πυρηνικό μας οπλοστάσιο» πρόσθεσε. Τα σχόλιά του ήρθαν ως απάντηση στη δημοσίευση ενός άρθρου στο περιοδικό «Νew Υorker» από τον δημοσιογράφο Seymour Ηersh, ο οποίος έγραψε ότι η αυξανόμενη ανησυχία στην κυβέρνηση Ομπάμα για την κατάσταση στο Πακιστάν έπεισε την Ουάσιγκτον πως πρέπει να κάνει περισσότερα προκειμένου να προστατεύσει το πυρηνικό οπλοστάσιο μιας χώρας που θεωρεί σημαντικό περιφερειακό σύμμαχο. Το άρθρο επίσης ανέφερε ότι η απειλή μπορεί να προέλθει από ισλαμιστικά στοιχεία μέσα στο στρατιωτικό καθεστώς ή στις μυστικές υπηρεσίες και από μαχητές, ενώ παρέθετε τις δηλώσεις ενός πρώην αμερικανού αξιωματούχου των μυστικών υπηρεσιών: «Οι Πακιστανοί μάς ενημέρωσαν για τον αριθμό των πυρηνικών κεφαλών, για μερικές από τις τοποθεσίες όπου βρίσκονται και για το σύστημα διοίκησης και ελέγχου.Διαθέτουμε τα σχέδια ασφαλείας έτσι ώστε να μπορέσουμε να τα βελτιώσουμε σε περίπτωση παραβίασης της ασφάλειας». Αυτή δεν είναι η πρώτη φορά που εγείρονται ερωτήματα γύρω από την ικανότητα προστασίας του πυρηνικού οπλοστασίου του Πακιστάν- υπολογίζεται μεταξύ 80 και 100 πυρηνικών κεφαλών- καθώς η χώρα ταλανίζεται από την ισλαμιστική βία. Στις αρχές του έτους πληροφορίες ήθελαν εγκαταστάσεις που συνδέονται με το πυρηνικό πρόγραμμα να έχουν δεχθεί τρεις επιθέσεις τα τελευταία δύο χρόνια.

Ο καθηγητής Σαούν Γκρέγκορι, διευθυντής της Ερευνητικής Μονάδας για την Ασφάλεια του Πακιστάν στο Πανεπιστήμιο του Μπράντφορντ, του οποίου η έκθεση απερρίφθη στις αρχές του χρόνου από το Ισλαμαμπάντ, εξήγησε ότι υπάρχουν δύο βασικές απειλές: από τους ισλαμιστές μαχητές που διεξάγουν ολοένα περισσότερες επιθέσεις και διαθέτουν εσωτερικές πληροφορίες και από μια πιθανή συνωμοσία στρατιωτικών με ισλαμιστικές πεποιθήσεις. «Αν παρατηρήσει κάποιος τον στρατό, θα δει ότι είναι γεμάτος από υποστηρικτές των ισλαμιστών και ότι έχει απομακρυνθεί από τη Δύση» είπε. Το Πακιστάν αντιδρά έντονα στους ισχυρισμούς ότι το πυρηνικό του οπλοστάσιο, που φυλάσσεται από μισό εκατομμύριο στρατιώτες, μπορεί να πέσει στα χέρια μαχητών των Ταλιμπάν. Το δημοσίευμα του «Νew Υorker», το οποίο διαψεύστηκε και από την Αν Πάτερσον, την αμερικανίδα πρεσβευτή στο Ισλαμαμπάντ, ανέφερε ότι μια στρατιωτική και πολιτική ομάδα διαχείρισης περιστατικών ασφαλείας ετέθη σε επιφυλακή όταν έγινε αναφορά για εξαφάνιση πυρηνικού υλικού του Πακιστάν. Η ομάδα, έγραψε ο Ηersh, αναχώρησε από την αεροπορική βάση Αndrews για το Πακιστάν. Οταν έγινε γνωστό ότι οι πληροφορίες ήταν ψευδείς, η ομάδα βρισκόταν ήδη στο Ντουμπάι. Εκπρόσωπος του αμερικανικού Πενταγώνου στην Ουάσιγκτον επιβεβαίωσε ότι οι Ηνωμένες Πολιτείες παρείχαν εκπαίδευση και εξοπλισμό στο Πακιστάν για να βελτιώσει την πυρηνική του ασφάλεια, αλλά διέψευσε τις αναφορές ότι υπάρχει πρόθεση να αναλάβουν τον έλεγχο του οπλοστασίου του. Αναλυτές υποστηρίζουν ότι είναι απίθανο το Ισλαμαμπάντ να συναινέσει σε κάτι τέτοιο. Ενας δυτικός ειδικός σε θέματα πυρηνικών του Πακιστάν είπε: «Οι Πακιστανοί δεν θα δέχονταν να μοιραστούν αυτές τις πυρηνικές πληροφορίες με τις Ηνωμένες Πολιτείες. Και το να νομίζεις ότι μπορείς να στείλεις μερικά ελικόπτερα γεμάτα με στρατιώτες των ειδικών δυνάμεων για να πάρουν τα όπλα, είναι άσκοπο».