Επηρέασαν τη ζωή, το έργο του και την πρόσληψη του τελευταίου, ακόμα και πολλά χρόνια μετά τον θάνατό του. Διόλου παράξενο λοιπόν που οι επιεικώς τεταμένες σχέσεις του Νίκου Καζαντζάκη με την Εκκλησία αντανακλώνται και στις επιστολές προς τον φίλο και δικηγόρο του Γιάννη Αγγελάκη, οι οποίες καλύπτουν το διάστημα από το 1917 ώς το 1957. Και αφού το 2013 πρωτοεκδόθηκαν από το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη, την Κυριακή 10 Δεκεμβρίου κυκλοφορούν ανατυπωμένες από «Το Βήμα» για να φωτίσουν εκ νέου τον ψυχισμό του συγγραφέα, τις αγωνίες, την πίκρα, τη νοσταλγία και τη μοναξιά του.

Σύμφωνα με τα Νέα οι τελευταίες ίσως επιτάθηκαν (ή και όχι) ήδη από το 1930, όταν ο Καζαντζάκης, μαζί με τον Δημήτρη Γληνό, δύο χρόνια αφότου ο επίσκοπος Σύρου Αθανάσιος είχε καταδικάσει την «Ασκητική», κλήθηκαν στον ανακριτή, ο μεν γιατί έγραψε το βιβλίο, ο δε γιατί το δημοσίευσε στο περιοδικό του «Αναγέννηση». Αμφότεροι παραπέμφθηκαν σε δίκη, η οποία τελικά δεν έγινε, αν και η εκκρεμότητά της θα επεκρέματο στα κεφάλια τους σαν δαμόκλειος σπάθη. Μερίδα του Τύπου της εποχής διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην ενασχόληση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος με τον συγγραφέα, οι σχέσεις των οποίων έκτοτε θα επιδεινώνονταν.

Η γνώμη της Εκκλησίας δεν θα μεταστρεφόταν βεβαίως με έργα όπως «Ο Χριστός ξανασταυρώνεται», «Ο καπετάν Μιχάλης» και «Ο τελευταίος πειρασμός». Ειδικά «Ο καπετάν Μιχάλης» μελετάται το 1954 από τον Παντελεήμονα Χίου για λογαριασμό της Ιεράς Συνόδου και χαρακτηρίζεται έργο ασεβές. Καθηγητές της Θεολογικής Σχολής Αθηνών τηρούν ανάλογη στάση. «Ο τελευταίος πειρασμός» έχει προστεθεί από τον Ιανουάριο της ίδιας χρονιάς στα απαγορευμένα βιβλία της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, ενώ τον Ιούνιο η Ιερά Σύνοδος συνεδριάζει, με τις απόψεις των ιεραρχών να κυμαίνονται από αιτήματα για μετάνοια του συγγραφέα μέχρι αφορισμό του. Ο αφορισμός ωστόσο προϋπέθετε τη συγκατάθεση του οικουμενικού πατριάρχη Αθηναγόρα, ο οποίος καταχώνιασε το αίτημα στο συρτάρι. Εναν χρόνο αργότερα το θέμα συζητήθηκε και στην ελληνική Βουλή, ενώ στην εξουσία βρισκόταν ο Ελληνικός Συναγερμός του Παπάγου. Από τους αντιπολιτευόμενους βουλευτές, ο Εμμανουήλ Κοθρής χαρακτήρισε τον Καζαντζάκη «μιαν από τας μεγαλυτέρας πνευματικάς κορυφάς της παγκοσμίου λογοτεχνίας», ενώ ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης τόνισε ότι «αποτελεί βαρύ σφάλμα το γεγονός ότι ενεφανίσθη εις την πατρίδαν μας η τάσις διώξεως των έργων του».