Σε ενιαίο αρχαιολογικό χώρο ενώνονται όλα τα μνημεία της Κνωσού και όχι μόνον τα αρχαία αλλά και μεταγενέστερων εποχών. Το εγχείρημα ανέλαβε η Ενοποίηση Αρχαιολογικών Χώρων Αθήνας με την έγκριση του υπουργείου Πολιτισμού ώστε να αναδειχθεί η Κνωσός ως τόπος πολιτισμού σε βάθος χιλιετιών. Στην ένταξη έτσι περιλαμβάνονται όλα τα μνημεία της ευρύτερης περιοχής και συγκεκριμένα η Βίλα Διονύσου, η Βίλα Αριάδνη, η Βασιλική έπαυλη, το Καραβάν Σεράι, το μικρό ανάκτορο, η οικία Αρχιερέα, ο τάφος – ιερό, ακόμη και το βενετσιάνικο υδραγωγείο της Αγίας Ειρήνης.
Το πρόγραμμα βρίσκεται σε εντελώς αρχικό στάδιο, καθώς αυτή τη στιγμή συγκεντρώνονται τα στοιχεία, που θα χρησιμοποιηθούν από την ΕΑΧΑ στην κατάρτιση ενός μάστερ πλαν για την οργάνωση των δράσεων που απαιτούνται. Τον ενθουσιασμό της πάντως για τις δυνατότητες ενοποίησης και επιπλέον αξιοποίησης του χώρου εκφράζει η πρόεδρος της ΕΑΧΑ κυρία Ντόρα Γαλάνη, η οποία επισκέφθηκε την Κνωσό. Οπως είπε η ίδια στο «Βήμα» διαδρομές και περίπατοι θα χαραχθούν εντός του ενοποιημένου αρχαιολογικού χώρου ενώ ιδιαίτερη έμφαση θα δοθεί στην διαμόρφωση της εισόδου του. Επιπλέον ζητήματα προς επίλυση εξάλλου είναι η αναμόρφωση της λεωφόρου Κνωσού ώστε να συνάδει με τη σημασία των αρχαιοτήτων, καθώς και ο χώρος στάθμευσης των αυτοκινήτων των επισκεπτών.
